本文整理汇总了Python中forcebalance.molecule.Molecule.find_dihedrals方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.find_dihedrals方法的具体用法？Python Molecule.find_dihedrals怎么用？Python Molecule.find_dihedrals使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类forcebalance.molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.find_dihedrals方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: return
# 需要导入模块: from forcebalance.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from forcebalance.molecule.Molecule import find_dihedrals [as 别名]
elif dih[1] == dih[2] and dih[0] > dih[3]:
return (dih[3], dih[2], dih[1], dih[0])
else:
return dih
hilite = set()
for dnm in os.listdir("../targets"):
if 'SER' not in dnm: continue
if 'chi1chi2' in dnm: continue
print dnm
M = Molecule(os.path.join("../targets", dnm, 'all.arc'))
atomtypes = [int(suf.split()[0]) for suf in M.tinkersuf]
# for ia, a in enumerate(atomtypes):
# print ia, acdict[a], acnames[acdict[a]]
set_dclass = set()
for dih in M.find_dihedrals():
dclass = cand(tuple(acdict[atomtypes[i]] for i in dih))
# Do not highlight backbone torsions.
if dclass[1] in exc_mid and dclass[2] in exc_mid: continue
# Do not highlight methyl hydrogens.
if dclass[0] in exc_end or dclass[3] in exc_end: continue
hilite.add(tdict[dclass])
tatoms[tdict[dclass]].append(dih)
set_dclass.add(dclass)
for d in sorted(list(set_dclass)):
print d
print
dflds = [5, 8, 11]
nprm = 0
fout = open('amoebapro13_labeled.prm','w')