本文整理汇总了Python中forcebalance.molecule.Molecule.Data['elem'][i]方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.Data['elem'][i]方法的具体用法？Python Molecule.Data['elem'][i]怎么用？Python Molecule.Data['elem'][i]使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类forcebalance.molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.Data['elem'][i]方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: QChem_Dielectric_Energy
# 需要导入模块: from forcebalance.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from forcebalance.molecule.Molecule import Data['elem'][i] [as 别名]
def QChem_Dielectric_Energy(fnm,wq):
QCIn = Molecule(fnm)
for i in range(QCIn.na):
# Q-Chem crashes if it doesn't recognize the chemical element
if QCIn.Data['elem'][i] in ['M','L']:
QCIn.Data['elem'][i] = 'He'
CalcDir=os.path.splitext(fnm)[0]+".d"
GoInto(CalcDir)
digits = len(str(QCIn.ns))
for i in range(QCIn.ns):
sdir = "%%0%ii" % digits % i
GoInto(sdir)
QCIn.write("qchem.in",select=i)
queue_up(wq,"qchem40 qchem.in qchem.out",input_files=["qchem.in"],output_files=["qchem.out"],verbose=False)
Leave(sdir)
wq_wait(wq,verbose=False)
PCM_Energies = []
for i in range(QCIn.ns):
sdir = "%%0%ii" % digits % i
GoInto(sdir)
for line in open("qchem.out"):
if "PCM electrostatic energy" in line:
PCM_Energies.append(float(line.split()[-2]))
Leave(sdir)
Leave(CalcDir)
return np.array(PCM_Energies) * 2625.5