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Python GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons方法代码示例

本文整理汇总了Python中doekbase.data_api.annotation.genome_annotation.api.GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons方法的具体用法?Python GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons怎么用?Python GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在doekbase.data_api.annotation.genome_annotation.api.GenomeAnnotationAPI的用法示例。


在下文中一共展示了GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: get_mrna_exons

# 需要导入模块: from doekbase.data_api.annotation.genome_annotation.api import GenomeAnnotationAPI [as 别名]
# 或者: from doekbase.data_api.annotation.genome_annotation.api.GenomeAnnotationAPI import get_mrna_by_exons [as 别名]
    def get_mrna_exons(self, ctx, ref, mrna_id_list):
        """
        Retrieve Exon information for each mRNA ID.
        @param mrna_id_list List of mRNA Feature IDS for which to retrieve exons.
            If empty, returns data for all exons.
        @return Mapping of mRNA Feature IDs to a list of exons (:js:data:`Exon_data`).
        :param ref: instance of type "ObjectReference"
        :param mrna_id_list: instance of list of String
        :returns: instance of mapping from String to list of type "Exon_data"
           -> structure: parameter "exon_location" of type "Region" ->
           structure: parameter "contig_id" of String, parameter "strand" of
           String, parameter "start" of Long, parameter "length" of Long,
           parameter "exon_dna_sequence" of String, parameter "exon_ordinal"
           of Long
        """
        # ctx is the context object
        # return variables are: returnVal
        #BEGIN get_mrna_exons
        ga = GenomeAnnotationAPI_local(self.services, ctx['token'], ref)
        returnVal = ga.get_mrna_by_exons(mrna_id_list)
        #END get_mrna_exons

        # At some point might do deeper type checking...
        if not isinstance(returnVal, dict):
            raise ValueError('Method get_mrna_exons return value ' +
                             'returnVal is not type dict as required.')
        # return the results
        return [returnVal]
开发者ID:msneddon,项目名称:genome_annotation_api,代码行数:30,代码来源:GenomeAnnotationAPIImpl.py


注:本文中的doekbase.data_api.annotation.genome_annotation.api.GenomeAnnotationAPI.get_mrna_by_exons方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。