当前位置: 首页>>代码示例>>Python>>正文


Python Network.sort_rank_node_values方法代码示例

本文整理汇总了Python中clustergrammer.Network.sort_rank_node_values方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Network.sort_rank_node_values方法的具体用法?Python Network.sort_rank_node_values怎么用?Python Network.sort_rank_node_values使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在clustergrammer.Network的用法示例。


在下文中一共展示了Network.sort_rank_node_values方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: l1000cds2_upload

# 需要导入模块: from clustergrammer import Network [as 别名]
# 或者: from clustergrammer.Network import sort_rank_node_values [as 别名]
def l1000cds2_upload():
  import requests
  import json 
  from clustergrammer import Network 
  from pymongo import MongoClient
  from bson.objectid import ObjectId

  # get the json 
  l1000cds2 = json.loads( request.form.get('signatures') )

  # initialize network 
  net = Network()

  # load l1000cds2 to .dat 
  net.load_l1000cds2(l1000cds2)

  # cluster 
  cutoff_comp = 0
  min_num_comp = 2
  net.cluster_row_and_col(dist_type='cosine', dendro=True)  

  # redefine initial ordering - rank by gene signature values and pert scores 
  net.dat['node_info']['row']['ini'] = net.sort_rank_node_values('row')
  net.dat['node_info']['col']['ini'] = net.sort_rank_node_values('col')
  net.viz = {}
  net.viz['row_nodes'] = []
  net.viz['col_nodes'] = []
  net.viz['links'] = []
  # remake visualization 
  net.viz_json()

  # generate export dictionary 
  ###############################
  export_dict = {}
  export_dict['name'] = 'l1000cds2'
  export_dict['dat'] = net.export_net_json('dat')
  export_dict['viz'] = net.viz
  export_dict['_id'] = ObjectId(l1000cds2['_id'])
 
  # set up connection 
  client = MongoClient(mongo_address)
  db = client.clustergrammer

  # save to database 
  ##################################
  tmp = db.networks.find_one({'_id': ObjectId(l1000cds2['_id']) })
  if tmp is None:
    tmp_id = db.networks.insert( export_dict ) 

  # close client
  client.close()

  return redirect('/clustergrammer/l1000cds2/'+l1000cds2['_id'])
开发者ID:aeron15,项目名称:clustergrammer,代码行数:55,代码来源:app.py


注:本文中的clustergrammer.Network.sort_rank_node_values方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。