R agnes.object 聚合嵌套 (AGNES) 對象

說明

"agnes" 類的對象表示數據集的凝聚層次聚類。

值

合法的 agnes 對象是包含以下組件的列表：

order	一個向量，給出原始觀察值的排列以允許繪圖，從某種意義上說，聚類樹的分支不會交叉。
order.lab	類似於 order 的向量，但包含觀察標簽而不是觀察編號。僅當原始觀察結果被標記時，此組件才可用。
height	具有連續階段合並簇之間距離的向量。
ac	凝聚係數，衡量數據集的聚類結構。 對於每個觀測值 i，用 m(i) 表示其與其合並的第一個簇的不相似性，除以算法最後一步中合並的不相似性。 ac 是所有 1 - m(i) 的平均值。它也可以被視為橫幅圖的平均寬度(或填充百分比)。由於 ac 隨著觀察數量的增加而增長，因此不應使用此度量來比較大小差異很大的數據集。
merge	(n-1) x 2 矩陣，其中 n 是觀測值的數量。 merge 的第 i 行說明了聚類步驟 i 處的聚類合並。如果該行中的數字 j 為負，則單個觀測 |j|在此階段合並。如果 j 為正，則與算法的第 j 階段形成的簇進行合並。
diss	類 "dissimilarity" 的對象(請參閱 dissimilarity.object )，表示數據集的總相異矩陣。
data	包含原始或標準化測量值的矩陣，具體取決於函數 agnes 的 stand 選項。如果給出相異矩陣作為輸入結構，則該分量不可用。

GENERATION

此類對象是從 agnes 返回的。

METHODS

"agnes" 類具有用於以下通用函數的方法： print 、 summary 、 plot 和 as.dendrogram 。

此外，cutree(x, *) 可用於“cut” 樹狀圖，以生成聚類分配。

INHERITANCE

類 "agnes" 繼承自 "twins" 。因此，通用函數pltree 和as.hclust 可用於agnes 對象。應用as.hclust()之後，當然它的所有方法都可用了。

例子

data(agriculture)
ag.ag <- agnes(agriculture)
class(ag.ag)
pltree(ag.ag) # the dendrogram

## cut the dendrogram -> get cluster assignments:
(ck3 <- cutree(ag.ag, k = 3))
(ch6 <- cutree(as.hclust(ag.ag), h = 6))
stopifnot(identical(unname(ch6), ck3))

也可以看看

agnes、diana、as.hclust、hclust、plot.agnes、twins.object。

cutree 。