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Python EBISubmission.generate_study_xml方法代码示例

本文整理汇总了Python中qiita_ware.ebi.EBISubmission.generate_study_xml方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python EBISubmission.generate_study_xml方法的具体用法?Python EBISubmission.generate_study_xml怎么用?Python EBISubmission.generate_study_xml使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在qiita_ware.ebi.EBISubmission的用法示例。


在下文中一共展示了EBISubmission.generate_study_xml方法的2个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_generate_study_xml

# 需要导入模块: from qiita_ware.ebi import EBISubmission [as 别名]
# 或者: from qiita_ware.ebi.EBISubmission import generate_study_xml [as 别名]
 def test_generate_study_xml(self):
     submission = EBISubmission('001', 'teststudy', 'test asbstract',
                                'metagenome')
     xmlelement = submission.generate_study_xml()
     xml = minidom.parseString(ET.tostring(xmlelement))
     xmlstring = xml.toprettyxml(indent='  ', encoding='UTF-8')
     obs_stripped = ''.join([l.strip() for l in xmlstring.splitlines()])
     exp_stripped = ''.join([l.strip() for l in STUDYXML.splitlines()])
     self.assertEqual(obs_stripped, exp_stripped)
开发者ID:Jorge-C,项目名称:qiita,代码行数:11,代码来源:test_ebi.py

示例2: test_generate_study_xml

# 需要导入模块: from qiita_ware.ebi import EBISubmission [as 别名]
# 或者: from qiita_ware.ebi.EBISubmission import generate_study_xml [as 别名]
    def test_generate_study_xml(self):
        submission = EBISubmission('001', 'teststudy', 'test asbstract',
                                   investigation_type='Other',
                                   new_investigation_type='metagenome')
        xmlelement = submission.generate_study_xml()
        xml = minidom.parseString(ET.tostring(xmlelement))
        xmlstring = xml.toprettyxml(indent='  ', encoding='UTF-8')
        obs_stripped = ''.join([l.strip() for l in xmlstring.splitlines()])
        exp_stripped = ''.join([l.strip() for l in STUDYXML.splitlines()])
        self.assertEqual(obs_stripped, exp_stripped)

        submission_pmids = \
            EBISubmission('001', 'teststudy', 'test asbstract', 'Other',
                          new_investigation_type='Amplicon Sequencing',
                          pmids=[12, 15])
        xmlelement = submission_pmids.generate_study_xml()
        xml = minidom.parseString(ET.tostring(xmlelement))
        xmlstring = xml.toprettyxml(indent='  ', encoding='UTF-8')
        obs_stripped = ''.join([l.strip() for l in xmlstring.splitlines()])
        exp_stripped = ''.join([l.strip() for l in
                                STUDYXML_PMIDS.splitlines()])
        self.assertEqual(obs_stripped, exp_stripped)
开发者ID:MarkBruns,项目名称:qiita,代码行数:24,代码来源:test_ebi.py


注:本文中的qiita_ware.ebi.EBISubmission.generate_study_xml方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。