本文整理汇总了Python中pybedtools.BedTool.nucleotide_content方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python BedTool.nucleotide_content方法的具体用法？Python BedTool.nucleotide_content怎么用？Python BedTool.nucleotide_content使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pybedtools.BedTool的用法示例。
在下文中一共展示了BedTool.nucleotide_content方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: seq_context
# 需要导入模块: from pybedtools import BedTool [as 别名]
# 或者: from pybedtools.BedTool import nucleotide_content [as 别名]
def seq_context(vf, fa):
#v = BedTool(vf)
#flanks = v.slop(g=pybedtools.chromsizes('hg19'), b=1)
sort_cmd2 = 'awk -F \'\t\' \'{print $1"\t"$2-1"\t"$3+1"\t"$4}\' %s > %s' % (vf, 'test.2.bed')
call(sort_cmd2, shell=True)
flanks = BedTool('test.2.bed')
nc = flanks.nucleotide_content(fi=fa, seq=True, pattern="CG", C=True)
cpg_context = Series(dict([ (r.name, float(r[14])) for r in nc ]))
nucleotide = Series(dict([ (r.name, r[13][1].upper()) for r in nc ]))
results = {}
for b in 'ACGT':
results['seq_'+b] = (nucleotide == b).apply(float)
results['in_cpg'] = cpg_context
return DataFrame(results)