本文整理汇总了Python中pybedtools.BedTool.jaccard方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python BedTool.jaccard方法的具体用法？Python BedTool.jaccard怎么用？Python BedTool.jaccard使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pybedtools.BedTool的用法示例。
在下文中一共展示了BedTool.jaccard方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: BedTool
# 需要导入模块: from pybedtools import BedTool [as 别名]
# 或者: from pybedtools.BedTool import jaccard [as 别名]
cons_bedgraph = BedTool('/vol1/opt/data/hg19.100way.phyloP100way.bg.gz')
header_fields = ['#cell.type.1','cell.type.2','type','jaccard','mean.cons']
print '\t'.join(header_fields)
for fname1, fname2 in combinations(subset, r=2):
ctype1 = get_cell_type(fname1)
ctype2 = get_cell_type(fname2)
tool1 = BedTool(fname1)
tool2 = BedTool(fname2)
# jaccard statistic
result = tool1.jaccard(tool2, f=0.5, r=False)
stat = result['jaccard']
# conservation measurement
result1 = tool1.intersect(tool2, v=True)
result2 = tool2.intersect(tool1, v=True)
cons1 = result1.map(cons_bedgraph, o='mean', c=4)
cons2 = result2.map(cons_bedgraph, o='mean', c=4)
pbd.set_trace()
fields = [ctype1, ctype2, stat]
print '\t'.join(map(str, fields))
示例2: score
# 需要导入模块: from pybedtools import BedTool [as 别名]
# 或者: from pybedtools.BedTool import jaccard [as 别名]
def score(onlyfiles):
for bed in onlyfiles:
a = BedTool(mypath+bed)
jac=BedTool.jaccard(userfile.sort(),a)
if jac['jaccard']>jaccard:
scores[bed]=jac['jaccard']