本文整理汇总了Python中ete3.Tree.robinson_foulds方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Tree.robinson_foulds方法的具体用法？Python Tree.robinson_foulds怎么用？Python Tree.robinson_foulds使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类ete3.Tree的用法示例。
在下文中一共展示了Tree.robinson_foulds方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: open
# 需要导入模块: from ete3 import Tree [as 别名]
# 或者: from ete3.Tree import robinson_foulds [as 别名]
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from ete3 import Tree
tree_Gblock = '/home/issa/Documents/stage/raxml/specie_tree_Gblock/RAxML_bestTree.specie_TREE.tree'
t_trimal = '/home/issa/Documents/stage/raxml/specie_tree_Trimal/RAxML_bestTree.specie_TREE_trimal.tree'
g = open(tree_Gblock)
t = open(t_trimal)
gblock, trimal = [], []
for line in g:
gblock.append(line)
for line in t:
trimal.append(line)
gb = Tree(tree_Gblock)
tr = Tree(t_trimal)
print (tr)
rf, max_rf, common_leaves, parts_t1, parts_t2 = gb.robinson_foulds(tr)
print ("RF distance is %s over a total of %s" %(rf, max_rf))