本文整理汇总了Python中Bio.Phylo.Consensus.get_support方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Consensus.get_support方法的具体用法?Python Consensus.get_support怎么用?Python Consensus.get_support使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Bio.Phylo.Consensus
的用法示例。
在下文中一共展示了Consensus.get_support方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_get_support
# 需要导入模块: from Bio.Phylo import Consensus [as 别名]
# 或者: from Bio.Phylo.Consensus import get_support [as 别名]
def test_get_support(self):
support_tree = Consensus.get_support(self.trees[0], self.trees)
clade = support_tree.common_ancestor([support_tree.find_any(name="Beta"), support_tree.find_any(name="Gamma")])
self.assertEqual(clade.confidence, 2 * 100.0 / 3)
clade = support_tree.common_ancestor([support_tree.find_any(name="Alpha"), support_tree.find_any(name="Beta")])
self.assertEqual(clade.confidence, 3 * 100.0 / 3)
clade = support_tree.common_ancestor([support_tree.find_any(name="Delta"), support_tree.find_any(name="Epsilon")])
self.assertEqual(clade.confidence, 2 * 100.0 / 3)