本文整理汇总了Python中Pipeline.peekParameters方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Pipeline.peekParameters方法的具体用法？Python Pipeline.peekParameters怎么用？Python Pipeline.peekParameters使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Pipeline的用法示例。
在下文中一共展示了Pipeline.peekParameters方法的3个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1:
# 需要导入模块: import Pipeline [as 别名]
# 或者: from Pipeline import peekParameters [as 别名]
import sqlite3
import PipelineTracks
import Pipeline as P
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# load options from the config file
P.getParameters(["%s/pipeline.ini" % __file__[:-len(".py")],
"../pipeline.ini",
"pipeline.ini"])
PARAMS = P.PARAMS
PARAMS_ANNOTATIONS = P.peekParameters(PARAMS["annotations_dir"],
"pipeline_annotations.py")
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Sample = PipelineTracks.Sample
TRACKS = PipelineTracks.Tracks(Sample).loadFromDirectory(glob.glob("medip_*"),
"medip_(\S+)")
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# if conf.py exists: execute to change the above assignmentsn
if os.path.exists("pipeline_conf.py"):
L.info("reading additional configuration from pipeline_conf.py")示例2: sum
# 需要导入模块: import Pipeline [as 别名]
# 或者: from Pipeline import peekParameters [as 别名]
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# Run configuration script
from SphinxReport.Utils import PARAMS as P
EXPORTDIR=P['medip_exportdir']
DATADIR=P['medip_datadir']
DATABASE=P['medip_backend']
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# cf. pipeline_medip.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_chipseq.py
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import Pipeline
PARAMS_PIPELINE = Pipeline.peekParameters( ".",
"pipeline_medip.py" )
import PipelineTracks
Sample = PipelineTracks.Sample3
suffixes = ["export.txt.gz",
"sra",
"fastq.gz",
"fastq.1.gz",
"csfasta.gz" ]
TRACKS = sum( itertools.chain( [ PipelineTracks.Tracks( Sample ).loadFromDirectory(
[ x for x in glob.glob( "%s/*.%s" % (DATADIR, s) ) if "input" not in x],
"%s/(\S+).%s" % (DATADIR, s) ) for s in suffixes ] ),
PipelineTracks.Tracks( Sample ) )示例3: sum
# 需要导入模块: import Pipeline [as 别名]
# 或者: from Pipeline import peekParameters [as 别名]
from SphinxReport.odict import OrderedDict as odict
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## parameterization
EXPORTDIR=P['chipseq_exportdir']
DATADIR=P['chipseq_datadir']
DATABASE=P['chipseq_backend']
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# cf. pipeline_chipseq.py
# This should be automatically gleaned from pipeline_chipseq.py
###################################################################
import Pipeline
PARAMS_PIPELINE = Pipeline.peekParameters( ".",
"pipeline_chipseq.py" )
import PipelineTracks
Sample = PipelineTracks.Sample3
suffixes = ["export.txt.gz",
"sra",
"fastq.gz",
"fastq.1.gz",
"csfasta.gz" ]
TRACKS = sum( itertools.chain( [ PipelineTracks.Tracks( Sample ).loadFromDirectory(
[ x for x in glob.glob( "%s/*.%s" % (DATADIR, s) ) if "input" not in x ],
"%s/(\S+).%s" % (DATADIR, s) ) for s in suffixes ] ),
PipelineTracks.Tracks( Sample ) )