本文整理汇总了Python中Pipeline.getParameters方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Pipeline.getParameters方法的具体用法？Python Pipeline.getParameters怎么用？Python Pipeline.getParameters使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Pipeline的用法示例。
在下文中一共展示了Pipeline.getParameters方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1:
# 需要导入模块: import Pipeline [as 别名]
# 或者: from Pipeline import getParameters [as 别名]
import Experiment as E
import logging as L
import sys
import os
import glob
import sqlite3
import PipelineTracks
import Pipeline as P
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# load options from the config file
P.getParameters(["%s/pipeline.ini" % __file__[:-len(".py")],
"../pipeline.ini",
"pipeline.ini"])
PARAMS = P.PARAMS
PARAMS_ANNOTATIONS = P.peekParameters(PARAMS["annotations_dir"],
"pipeline_annotations.py")
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Sample = PipelineTracks.Sample
TRACKS = PipelineTracks.Tracks(Sample).loadFromDirectory(glob.glob("medip_*"),
"medip_(\S+)")
示例2: dbList
# 需要导入模块: import Pipeline [as 别名]
# 或者: from Pipeline import getParameters [as 别名]
import PipelineMappingQC
import Bed
import Nucmer
import pysam
import Fastq
import sqlite3
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## Pipeline configuration
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# load options from the config file
import Pipeline as P
P.getParameters(
"pipeline.ini" )
PARAMS = P.PARAMS
SEQUENCE_FILES = glob.glob("*.fastq.1.gz*")
GENOMES = glob.glob(os.path.join(PARAMS["genomes_genomesdir"], "*.fna"))
CONTIGS = glob.glob("*.fa")
ALIGNMENTS = glob.glob("*.bam")
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def dbList(xset):
'''
return a list for checking inclusion from a db query
'''