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C++ TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy方法代码示例

本文整理汇总了C++中TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C++ TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy方法的具体用法?C++ TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy怎么用?C++ TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在TopSegmentIteratorConstPtr的用法示例。


在下文中一共展示了TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。

示例1: validateDuplications

void hal::validateDuplications(const Genome* genome)
{
  const Genome* parent = genome->getParent();
  if (parent == NULL)
  {
    return;
  }
  TopSegmentIteratorConstPtr topIt = genome->getTopSegmentIterator();
  TopSegmentIteratorConstPtr endIt = genome->getTopSegmentEndIterator();
  vector<unsigned char> pcount(parent->getNumBottomSegments(), 0);
  for (; topIt != endIt; topIt->toRight())
  {
    if (topIt->hasParent())
    {
      if (pcount[topIt->getTopSegment()->getParentIndex()] < 250)
      {
        ++pcount[topIt->getTopSegment()->getParentIndex()];
      }
    }
  }
  for (topIt = genome->getTopSegmentIterator(); topIt != endIt; topIt->toRight())
  {
    if (topIt->hasParent())
    {
      size_t count = pcount[topIt->getTopSegment()->getParentIndex()];
      assert(count > 0);
      {
        if (topIt->hasNextParalogy() == false && count > 1)
        {
          stringstream ss;
          ss << "Top Segment " << topIt->getTopSegment()->getArrayIndex()
             << " in genome " << genome->getName() << " is not marked as a"
             << " duplication but it shares its parent " 
             << topIt->getTopSegment()->getArrayIndex() << " with at least " 
             << count - 1 << " other segments in the same genome";
          throw hal_exception(ss.str());
        }  
      }
    }
  }
}
开发者ID:BioinformaticsArchive,项目名称:hal,代码行数:41,代码来源:halValidate.cpp


注:本文中的TopSegmentIteratorConstPtr::hasNextParalogy方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。