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C++ TopSegmentIteratorConstPtr::copy方法代码示例

本文整理汇总了C++中TopSegmentIteratorConstPtr::copy方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C++ TopSegmentIteratorConstPtr::copy方法的具体用法?C++ TopSegmentIteratorConstPtr::copy怎么用?C++ TopSegmentIteratorConstPtr::copy使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在TopSegmentIteratorConstPtr的用法示例。


在下文中一共展示了TopSegmentIteratorConstPtr::copy方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。

示例1: subsAndGapInserts

void SummarizeMutations::subsAndGapInserts(
  GappedTopSegmentIteratorConstPtr gappedTop, MutationsStats& stats)
{
  assert(gappedTop->getReversed() == false);
  hal_size_t numGaps = gappedTop->getNumGaps();
  if (numGaps > 0)
  {
    stats._gapInsertionLength.add(gappedTop->getNumGapBases(), numGaps);
  }

  string parent, child;
  TopSegmentIteratorConstPtr l = gappedTop->getLeft();
  TopSegmentIteratorConstPtr r = gappedTop->getRight();
  BottomSegmentIteratorConstPtr p = 
     l->getTopSegment()->getGenome()->getParent()->getBottomSegmentIterator();

  for (TopSegmentIteratorConstPtr i = l->copy(); 
       i->getTopSegment()->getArrayIndex() <= 
          r->getTopSegment()->getArrayIndex();
       i->toRight())
  {
    if (i->hasParent())
    {
      p->toParent(i);
      i->getString(child);
      p->getString(parent);
      assert(child.length() == parent.length());
      for (size_t j = 0; j < child.length(); ++j)
      {
        if (isTransition(child[j], parent[j]))
        {
          ++stats._transitions;
          ++stats._subs;
        }
        else if (isTransversion(child[j], parent[j]))
        {
          ++stats._transversions;
          ++stats._subs;
        }
        else if (isSubstitution(child[j], parent[j]))
        {
          ++stats._subs;
        }
        else if (!isMissingData(child[j]) && !isMissingData(parent[j]))
        {
          ++stats._matches;
        }
      }
    }
  }
}
开发者ID:BioinformaticsArchive,项目名称:hal,代码行数:51,代码来源:halSummarizeMutations.cpp


注:本文中的TopSegmentIteratorConstPtr::copy方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。