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C++ FileManager::init_from_list_file方法代码示例

本文整理汇总了C++中FileManager::init_from_list_file方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C++ FileManager::init_from_list_file方法的具体用法?C++ FileManager::init_from_list_file怎么用?C++ FileManager::init_from_list_file使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在FileManager的用法示例。


在下文中一共展示了FileManager::init_from_list_file方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C++代码示例。

示例1: main

int main()
{
	Config *config=NULL;  
	FileManager fm;
	FileSet fs;
	AdvancedScoreModel model; 
	EdgeModel edge_model;
	PeptideRankScorer drs;
	 
	

	rand_seed(112233);


//	train_all(); 

	model.read_model("CID_IT_TRYP");
	config = model.get_config(); 
	config->apply_selected_PTMs("C+57:M+16:Q-17");

//	fm.init_from_file(config,"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\all_ds\\HEK_98_3_unique_30.mgf");
	fs.select_files_in_mz_range(fm,300,2000,3);
	fs.randomly_reduce_ssfs(100);
	
	vector<int> cc(4,0);
	cc[3]=100;
	fs.create_mgf_file(fm,config,"HEK_4_30e.mgf",cc);
	exit(0);

//	model.get_config()->apply_selected_PTMs("C+57:M+16:Q-17"); 


	PMCSQS_Scorer *pmcsqs = (PMCSQS_Scorer *)model.get_pmcsqs_ptr();

	fm.init_from_list_file(config,"C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\train3.txt");

	pmcsqs->benchmark_pm_selection(config,fm,0.3);

	exit(0);

/*	benchmark_shew(model,"C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Shew_test_10.mgf");
	exit(0);

		drs.set_model_type(0);
	drs.read_denovo_rank_scorer_model("C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Models\\DBSCORE\\DBSCORE_rank_model.txt");
	drs.give_de_novo_and_peak_match_examples("C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\all_db_hits",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\seq_freqs\\sequences",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\dnv_full_parts",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\dicty2_all.txt",
									 2,2);
	exit(0);
	
	drs.read_denovo_rank_scorer_model("C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Models\\DBSCORE\\DBSCORE_rank_model.txt");
	drs.rescore_inspect_results("C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\inspect_res\\H293-40ul-08.mzXML",
								"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\inspect_res\\H293-40ul-08.txt",
								"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\inspect_res\\H293-40ul-08_new.txt");

	exit(0);

//	test_denovo_integrity(model,"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\all_ds\\Dicty_98_2_unique_8.mgf", 20000, 8); 

//	benchmark_ranking_on_denovo("C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Models\\DNVSCORE5\\DNVSCORE5_rank_model.txt",
//		"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\test\\DNVSCORE4_test_10.mgf",400,10); // 

//	benchmark_ranking_on_full_denovo("C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Models\\DNVFULL\\DNVFULL_rank_model.txt",
//		"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\test\\FULL_test_10.mgf",1000);
//	exit(0); 



	fm.init_from_list_file(config,//"C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\short2_train_mgf_list.txt");
	 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\comp2_train_mgf_list.txt");
	// "C:\\Work\\msms5\\NewScore\\lists\\Shew_98_3_unique_mgf_list.txt");
	fs.select_files(fm,0,2500,-1,-1,2);
	
	find_special_PTM_frags_using_offset_counts("S",fm,fs.get_ssf_pointers(),&model,2);

	exit(0); 
	
	drs.read_denovo_rank_scorer_model("C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\Models\\DNVSC_RANK\\LTQ_DNVRANK_model.txt");
	drs.test_model("C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\test_sets\\LTQ_DNVRANK_test_10.mgf",2000);

	drs.train_denovo_partition_model("C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\all_db_hits",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\seq_freqs\\sequences",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\comp_all_parts",
								//	 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\short2_train_mgf_list.txt",
									 "C:\\Work\\msms5\\DnvScore\\comp2_train_mgf_list.txt",
									 2,
									 1,
									 30000,
									 5); 




//	model.read_model("ETD");
//	config = model.get_config();
//	config->apply_selected_PTMs("M+16:Q-17:N+1:C+57");

//	fm.init_from_list_file(config,"C:\\Work\\msms5\\PepNovoHQ\\ETD2\\ETD_unique_train.txt");
//.........这里部分代码省略.........
开发者ID:jmchilton,项目名称:pepnovo,代码行数:101,代码来源:main.cpp


注:本文中的FileManager::init_from_list_file方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。