R lmeControl 指定 lme Fit 的控制值

R语言 lmeControl 位于 nlme 包(package)。

说明

lmeControl() 调用中提供的值将替换默认值，并返回包含所有设置(即所有可能参数的值)的 list。返回的列表用作 lme 函数的 control 参数。

用法

lmeControl(maxIter = 50, msMaxIter = 50, tolerance = 1e-6, niterEM = 25,
           msMaxEval = 200,
	   msTol = 1e-7, msVerbose = FALSE,
           returnObject = FALSE, gradHess = TRUE, apVar = TRUE,
	   .relStep = .Machine$double.eps^(1/3), minAbsParApVar = 0.05,
           opt = c("nlminb", "optim"),
	   optimMethod = "BFGS", natural = TRUE,
	   sigma = NULL,
           allow.n.lt.q = FALSE,
           ...)

参数

`maxIter`	`lme` 优化算法的最大迭代次数。默认为 `50` 。
`msMaxIter`	`lme` 优化中优化步骤的最大迭代次数。默认为 `50` 。
`tolerance`	`lme` 算法中收敛标准的容差。默认为 `1e-6` 。
`niterEM`	用于细化随机效应方差-协方差系数的初始估计的 EM 算法的迭代次数。默认为 `25` 。
`msMaxEval`	nlminb 允许的目标函数评估的最大次数。默认为 `200` 。
`msTol`	使用 `optim` 时第一次迭代的收敛标准的容差。默认为 `1e-7` 。
`msVerbose`	作为 `trace` 参数传递给 `nlminb` 或 `optim` 的逻辑值。默认为 `FALSE` 。
`returnObject`	一个逻辑值，指示当达到最大迭代次数而算法没有收敛时，是否应使用 `warning` 返回拟合对象(而不是通过 `stop()` 发出错误)。默认为 `FALSE` 。
`gradHess`	一个逻辑值，指示是否应在内部优化中使用对数似然函数的数值梯度向量和 Hessian 矩阵。仅当相关结构 (`corStruct`) 和方差函数结构 (`varFunc`) 没有 "varying" 参数且随机效应结构中使用的 `pdMat` 类为 `pdSymm`(一般正-定)、`pdDiag`(对角线)、`pdIdent`(恒等式的倍数)或`pdCompSymm`(复合对称)。默认为 `TRUE` 。
`apVar`	一个逻辑值，指示是否应计算方差-协方差参数的近似协方差矩阵。默认为 `TRUE` 。
`.relStep`	数值导数计算的相对步骤。默认为 `.Machine$double.eps^(1/3)` 。
`opt`	要使用的优化器， `"nlminb"` (默认)或 `"optim"` 。
`optimMethod`	字符 - 与 `optim` 优化器一起使用的优化方法。默认为 `"BFGS"` 。另一种选择是`"L-BFGS-B"`。
`minAbsParApVar`	数值 - 近似方差计算中的最小绝对参数值。默认为 `0.05` 。
`natural`	一个逻辑值，指示在计算估计量的近似协方差矩阵时，是否应将 `pdNatural` 参数化用于 `reStruct` 中的一般正定矩阵 (`pdSymm` )。默认为 `TRUE` 。
`sigma`	可选用正数来固定残差。如果默认情况下 `NULL` 或 `0` ，则估计 sigma。
`allow.n.lt.q`	`logical` 指示每组的观察值是否可以少于随机效应。默认值 `FALSE` 表示错误；如果 `NA` ，这种情况只会给出警告，如 2019 年之前的 `nlme` 版本；如果为 true，则根本不会给出任何消息。
`...`	根据`opt`，进一步命名控制参数传递到`nlminb`(从`abs.tol`开始的那些)或`optim`(除了`trace`和`maxit`；`reltol`仅从第二个开始使用迭代)。

值

包含每个可能参数的组件的列表。

例子

# decrease the maximum number iterations in the ms call and
# request that information on the evolution of the ms iterations be printed
str(lCtr <- lmeControl(msMaxIter = 20, msVerbose = TRUE))
## This should always work:
do.call(lmeControl, lCtr)

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu; the sigma option: Siem Heisterkamp and Bert van Willigen.

也可以看看

lme , nlminb , optim

相关用法

注：本文由纯净天空筛选整理自R-devel大神的英文原创作品 Specifying Control Values for lme Fit。非经特殊声明，原始代码版权归原作者所有，本译文未经允许或授权，请勿转载或复制。