R lmeControl 指定 lme Fit 的控製值

R語言 lmeControl 位於 nlme 包(package)。

說明

lmeControl() 調用中提供的值將替換默認值，並返回包含所有設置(即所有可能參數的值)的 list。返回的列表用作 lme 函數的 control 參數。

用法

lmeControl(maxIter = 50, msMaxIter = 50, tolerance = 1e-6, niterEM = 25,
           msMaxEval = 200,
	   msTol = 1e-7, msVerbose = FALSE,
           returnObject = FALSE, gradHess = TRUE, apVar = TRUE,
	   .relStep = .Machine$double.eps^(1/3), minAbsParApVar = 0.05,
           opt = c("nlminb", "optim"),
	   optimMethod = "BFGS", natural = TRUE,
	   sigma = NULL,
           allow.n.lt.q = FALSE,
           ...)

參數

`maxIter`	`lme` 優化算法的最大迭代次數。默認為 `50` 。
`msMaxIter`	`lme` 優化中優化步驟的最大迭代次數。默認為 `50` 。
`tolerance`	`lme` 算法中收斂標準的容差。默認為 `1e-6` 。
`niterEM`	用於細化隨機效應方差-協方差係數的初始估計的 EM 算法的迭代次數。默認為 `25` 。
`msMaxEval`	nlminb 允許的目標函數評估的最大次數。默認為 `200` 。
`msTol`	使用 `optim` 時第一次迭代的收斂標準的容差。默認為 `1e-7` 。
`msVerbose`	作為 `trace` 參數傳遞給 `nlminb` 或 `optim` 的邏輯值。默認為 `FALSE` 。
`returnObject`	一個邏輯值，指示當達到最大迭代次數而算法沒有收斂時，是否應使用 `warning` 返回擬合對象(而不是通過 `stop()` 發出錯誤)。默認為 `FALSE` 。
`gradHess`	一個邏輯值，指示是否應在內部優化中使用對數似然函數的數值梯度向量和 Hessian 矩陣。僅當相關結構 (`corStruct`) 和方差函數結構 (`varFunc`) 沒有 "varying" 參數且隨機效應結構中使用的 `pdMat` 類為 `pdSymm`(一般正-定)、`pdDiag`(對角線)、`pdIdent`(恒等式的倍數)或`pdCompSymm`(複合對稱)。默認為 `TRUE` 。
`apVar`	一個邏輯值，指示是否應計算方差-協方差參數的近似協方差矩陣。默認為 `TRUE` 。
`.relStep`	數值導數計算的相對步驟。默認為 `.Machine$double.eps^(1/3)` 。
`opt`	要使用的優化器， `"nlminb"` (默認)或 `"optim"` 。
`optimMethod`	字符 - 與 `optim` 優化器一起使用的優化方法。默認為 `"BFGS"` 。另一種選擇是`"L-BFGS-B"`。
`minAbsParApVar`	數值 - 近似方差計算中的最小絕對參數值。默認為 `0.05` 。
`natural`	一個邏輯值，指示在計算估計量的近似協方差矩陣時，是否應將 `pdNatural` 參數化用於 `reStruct` 中的一般正定矩陣 (`pdSymm` )。默認為 `TRUE` 。
`sigma`	可選用正數來固定殘差。如果默認情況下 `NULL` 或 `0` ，則估計 sigma。
`allow.n.lt.q`	`logical` 指示每組的觀察值是否可以少於隨機效應。默認值 `FALSE` 表示錯誤；如果 `NA` ，這種情況隻會給出警告，如 2019 年之前的 `nlme` 版本；如果為 true，則根本不會給出任何消息。
`...`	根據`opt`，進一步命名控製參數傳遞到`nlminb`(從`abs.tol`開始的那些)或`optim`(除了`trace`和`maxit`；`reltol`僅從第二個開始使用迭代)。

值

包含每個可能參數的組件的列表。

例子

# decrease the maximum number iterations in the ms call and
# request that information on the evolution of the ms iterations be printed
str(lCtr <- lmeControl(msMaxIter = 20, msVerbose = TRUE))
## This should always work:
do.call(lmeControl, lCtr)

作者

José Pinheiro and Douglas Bates bates@stat.wisc.edu; the sigma option: Siem Heisterkamp and Bert van Willigen.

也可以看看

lme , nlminb , optim

相關用法

注：本文由純淨天空篩選整理自R-devel大神的英文原創作品 Specifying Control Values for lme Fit。非經特殊聲明，原始代碼版權歸原作者所有，本譯文未經允許或授權，請勿轉載或複製。