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R yardstick ccc 一致性相关系数


计算一致性相关系数。

用法

ccc(data, ...)

# S3 method for data.frame
ccc(
  data,
  truth,
  estimate,
  bias = FALSE,
  na_rm = TRUE,
  case_weights = NULL,
  ...
)

ccc_vec(truth, estimate, bias = FALSE, na_rm = TRUE, case_weights = NULL, ...)

参数

data

data.frame 包含由 truthestimate 参数指定的列。

...

目前未使用。

truth

真实结果的列标识符(即 numeric )。这应该是一个不带引号的列名,尽管此参数是通过表达式传递的并且支持quasiquotation(您可以不带引号的列名)。对于 _vec() 函数,一个 numeric 向量。

estimate

预测结果的列标识符(也是 numeric )。与 truth 一样,可以通过不同的方式指定,但主要方法是使用不带引号的变量名称。对于 _vec() 函数,一个 numeric 向量。

bias

logical;是否应该使用方差的有偏估计(如 Lin (1989))?

na_rm

logical 值,指示在计算继续之前是否应剥离 NA 值。

case_weights

案例权重的可选列标识符。这应该是一个不带引号的列名称,其计算结果为 data 中的数字列。对于 _vec() 函数,一个数值向量。

tibble 包含列 .metric.estimator.estimate 以及 1 行值。

对于分组 DataFrame ,返回的行数将与组数相同。

对于 ccc_vec() ,单个 numeric 值(或 NA )。

细节

ccc() 是一致性/相关性和准确性的度量,而 rmse() 等度量严格用于准确性,而 rsq() 等度量严格用于一致性/相关性

参考

林L.(1989)。用于评估再现性的一致性相关系数。生物识别,45 (1), 255-268。

尼克森,C. (1997)。关于“评估再现性的一致性相关系数”的注释。生物识别学,53(4), 1503-1507。

也可以看看

其他数字指标:huber_loss_pseudo() , huber_loss() , iic() , mae() , mape() , mase() , mpe() , msd() , poisson_log_loss() , rmse() , rpd() , rpiq() , rsq_trad() , rsq() , smape()

其他一致性指标:rpd()rpiq()rsq_trad()rsq()

其他准确度指标:huber_loss_pseudo() , huber_loss() , iic() , mae() , mape() , mase() , mpe() , msd() , poisson_log_loss() , rmse() , smape()

作者

马克斯·库恩

例子

# Supply truth and predictions as bare column names
ccc(solubility_test, solubility, prediction)
#> # A tibble: 1 × 3
#>   .metric .estimator .estimate
#>   <chr>   <chr>          <dbl>
#> 1 ccc     standard       0.937

library(dplyr)

set.seed(1234)
size <- 100
times <- 10

# create 10 resamples
solubility_resampled <- bind_rows(
  replicate(
    n = times,
    expr = sample_n(solubility_test, size, replace = TRUE),
    simplify = FALSE
  ),
  .id = "resample"
)

# Compute the metric by group
metric_results <- solubility_resampled %>%
  group_by(resample) %>%
  ccc(solubility, prediction)

metric_results
#> # A tibble: 10 × 4
#>    resample .metric .estimator .estimate
#>    <chr>    <chr>   <chr>          <dbl>
#>  1 1        ccc     standard       0.935
#>  2 10       ccc     standard       0.937
#>  3 2        ccc     standard       0.943
#>  4 3        ccc     standard       0.956
#>  5 4        ccc     standard       0.944
#>  6 5        ccc     standard       0.925
#>  7 6        ccc     standard       0.933
#>  8 7        ccc     standard       0.922
#>  9 8        ccc     standard       0.955
#> 10 9        ccc     standard       0.940

# Resampled mean estimate
metric_results %>%
  summarise(avg_estimate = mean(.estimate))
#> # A tibble: 1 × 1
#>   avg_estimate
#>          <dbl>
#> 1        0.939
源代码:R/num-ccc.R

相关用法


注:本文由纯净天空筛选整理自Max Kuhn等大神的英文原创作品 Concordance correlation coefficient。非经特殊声明,原始代码版权归原作者所有,本译文未经允许或授权,请勿转载或复制。