計算一致性相關係數。
用法
ccc(data, ...)
# S3 method for data.frame
ccc(
data,
truth,
estimate,
bias = FALSE,
na_rm = TRUE,
case_weights = NULL,
...
)
ccc_vec(truth, estimate, bias = FALSE, na_rm = TRUE, case_weights = NULL, ...)
參數
- data
-
data.frame
包含由truth
和estimate
參數指定的列。 - ...
-
目前未使用。
- truth
-
真實結果的列標識符(即
numeric
)。這應該是一個不帶引號的列名,盡管此參數是通過表達式傳遞的並且支持quasiquotation(您可以不帶引號的列名)。對於_vec()
函數,一個numeric
向量。 - estimate
-
預測結果的列標識符(也是
numeric
)。與truth
一樣,可以通過不同的方式指定,但主要方法是使用不帶引號的變量名稱。對於_vec()
函數,一個numeric
向量。 - bias
-
logical
;是否應該使用方差的有偏估計(如 Lin (1989))? - na_rm
-
logical
值,指示在計算繼續之前是否應剝離NA
值。 - case_weights
-
案例權重的可選列標識符。這應該是一個不帶引號的列名稱,其計算結果為
data
中的數字列。對於_vec()
函數,一個數值向量。
值
tibble
包含列 .metric
、 .estimator
和 .estimate
以及 1 行值。
對於分組 DataFrame ,返回的行數將與組數相同。
對於 ccc_vec()
,單個 numeric
值(或 NA
)。
參考
林L.(1989)。用於評估再現性的一致性相關係數。生物識別,45 (1), 255-268。
尼克森,C. (1997)。關於“評估再現性的一致性相關係數”的注釋。生物識別學,53(4), 1503-1507。
也可以看看
其他數字指標:huber_loss_pseudo()
, huber_loss()
, iic()
, mae()
, mape()
, mase()
, mpe()
, msd()
, poisson_log_loss()
, rmse()
, rpd()
, rpiq()
, rsq_trad()
, rsq()
, smape()
其他一致性指標:rpd()
、rpiq()
、rsq_trad()
、rsq()
其他準確度指標:huber_loss_pseudo()
, huber_loss()
, iic()
, mae()
, mape()
, mase()
, mpe()
, msd()
, poisson_log_loss()
, rmse()
, smape()
例子
# Supply truth and predictions as bare column names
ccc(solubility_test, solubility, prediction)
#> # A tibble: 1 × 3
#> .metric .estimator .estimate
#> <chr> <chr> <dbl>
#> 1 ccc standard 0.937
library(dplyr)
set.seed(1234)
size <- 100
times <- 10
# create 10 resamples
solubility_resampled <- bind_rows(
replicate(
n = times,
expr = sample_n(solubility_test, size, replace = TRUE),
simplify = FALSE
),
.id = "resample"
)
# Compute the metric by group
metric_results <- solubility_resampled %>%
group_by(resample) %>%
ccc(solubility, prediction)
metric_results
#> # A tibble: 10 × 4
#> resample .metric .estimator .estimate
#> <chr> <chr> <chr> <dbl>
#> 1 1 ccc standard 0.935
#> 2 10 ccc standard 0.937
#> 3 2 ccc standard 0.943
#> 4 3 ccc standard 0.956
#> 5 4 ccc standard 0.944
#> 6 5 ccc standard 0.925
#> 7 6 ccc standard 0.933
#> 8 7 ccc standard 0.922
#> 9 8 ccc standard 0.955
#> 10 9 ccc standard 0.940
# Resampled mean estimate
metric_results %>%
summarise(avg_estimate = mean(.estimate))
#> # A tibble: 1 × 1
#> avg_estimate
#> <dbl>
#> 1 0.939
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注:本文由純淨天空篩選整理自Max Kuhn等大神的英文原創作品 Concordance correlation coefficient。非經特殊聲明,原始代碼版權歸原作者所有,本譯文未經允許或授權,請勿轉載或複製。