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R yardstick ccc 一致性相關係數


計算一致性相關係數。

用法

ccc(data, ...)

# S3 method for data.frame
ccc(
  data,
  truth,
  estimate,
  bias = FALSE,
  na_rm = TRUE,
  case_weights = NULL,
  ...
)

ccc_vec(truth, estimate, bias = FALSE, na_rm = TRUE, case_weights = NULL, ...)

參數

data

data.frame 包含由 truthestimate 參數指定的列。

...

目前未使用。

truth

真實結果的列標識符(即 numeric )。這應該是一個不帶引號的列名,盡管此參數是通過表達式傳遞的並且支持quasiquotation(您可以不帶引號的列名)。對於 _vec() 函數,一個 numeric 向量。

estimate

預測結果的列標識符(也是 numeric )。與 truth 一樣,可以通過不同的方式指定,但主要方法是使用不帶引號的變量名稱。對於 _vec() 函數,一個 numeric 向量。

bias

logical;是否應該使用方差的有偏估計(如 Lin (1989))?

na_rm

logical 值,指示在計算繼續之前是否應剝離 NA 值。

case_weights

案例權重的可選列標識符。這應該是一個不帶引號的列名稱,其計算結果為 data 中的數字列。對於 _vec() 函數,一個數值向量。

tibble 包含列 .metric.estimator.estimate 以及 1 行值。

對於分組 DataFrame ,返回的行數將與組數相同。

對於 ccc_vec() ,單個 numeric 值(或 NA )。

細節

ccc() 是一致性/相關性和準確性的度量,而 rmse() 等度量嚴格用於準確性,而 rsq() 等度量嚴格用於一致性/相關性

參考

林L.(1989)。用於評估再現性的一致性相關係數。生物識別,45 (1), 255-268。

尼克森,C. (1997)。關於“評估再現性的一致性相關係數”的注釋。生物識別學,53(4), 1503-1507。

也可以看看

其他數字指標:huber_loss_pseudo() , huber_loss() , iic() , mae() , mape() , mase() , mpe() , msd() , poisson_log_loss() , rmse() , rpd() , rpiq() , rsq_trad() , rsq() , smape()

其他一致性指標:rpd()rpiq()rsq_trad()rsq()

其他準確度指標:huber_loss_pseudo() , huber_loss() , iic() , mae() , mape() , mase() , mpe() , msd() , poisson_log_loss() , rmse() , smape()

作者

馬克斯·庫恩

例子

# Supply truth and predictions as bare column names
ccc(solubility_test, solubility, prediction)
#> # A tibble: 1 × 3
#>   .metric .estimator .estimate
#>   <chr>   <chr>          <dbl>
#> 1 ccc     standard       0.937

library(dplyr)

set.seed(1234)
size <- 100
times <- 10

# create 10 resamples
solubility_resampled <- bind_rows(
  replicate(
    n = times,
    expr = sample_n(solubility_test, size, replace = TRUE),
    simplify = FALSE
  ),
  .id = "resample"
)

# Compute the metric by group
metric_results <- solubility_resampled %>%
  group_by(resample) %>%
  ccc(solubility, prediction)

metric_results
#> # A tibble: 10 × 4
#>    resample .metric .estimator .estimate
#>    <chr>    <chr>   <chr>          <dbl>
#>  1 1        ccc     standard       0.935
#>  2 10       ccc     standard       0.937
#>  3 2        ccc     standard       0.943
#>  4 3        ccc     standard       0.956
#>  5 4        ccc     standard       0.944
#>  6 5        ccc     standard       0.925
#>  7 6        ccc     standard       0.933
#>  8 7        ccc     standard       0.922
#>  9 8        ccc     standard       0.955
#> 10 9        ccc     standard       0.940

# Resampled mean estimate
metric_results %>%
  summarise(avg_estimate = mean(.estimate))
#> # A tibble: 1 × 1
#>   avg_estimate
#>          <dbl>
#> 1        0.939
源代碼:R/num-ccc.R

相關用法


注:本文由純淨天空篩選整理自Max Kuhn等大神的英文原創作品 Concordance correlation coefficient。非經特殊聲明,原始代碼版權歸原作者所有,本譯文未經允許或授權,請勿轉載或複製。