本文整理汇总了Python中puzzle.plugins.VcfPlugin.vep_header方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python VcfPlugin.vep_header方法的具体用法？Python VcfPlugin.vep_header怎么用？Python VcfPlugin.vep_header使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类puzzle.plugins.VcfPlugin的用法示例。
在下文中一共展示了VcfPlugin.vep_header方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_format_variants
# 需要导入模块: from puzzle.plugins import VcfPlugin [as 别名]
# 或者: from puzzle.plugins.VcfPlugin import vep_header [as 别名]
def test_format_variants(cyvcf_variant, case_obj, header):
vcf_plugin = VcfPlugin()
vcf_plugin.head = header
vcf_plugin.vep_header = header.vep_columns
vcf_plugin.snpeff_header = header.snpeff_columns
variant_obj = vcf_plugin._format_variants(cyvcf_variant, index=1,
case_obj=case_obj, add_all_info=False)
assert variant_obj.CHROM == cyvcf_variant.CHROM
assert variant_obj.start == cyvcf_variant.start