本文整理汇总了Python中puzzle.plugins.GeminiPlugin._is_variant方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python GeminiPlugin._is_variant方法的具体用法？Python GeminiPlugin._is_variant怎么用？Python GeminiPlugin._is_variant使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类puzzle.plugins.GeminiPlugin的用法示例。
在下文中一共展示了GeminiPlugin._is_variant方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_is_variant
# 需要导入模块: from puzzle.plugins import GeminiPlugin [as 别名]
# 或者: from puzzle.plugins.GeminiPlugin import _is_variant [as 别名]
def test_is_variant(case_obj):
adapter = GeminiPlugin()
genotypes = ['G/A', 'G/A', 'G/G', 'G/G', './.']
ind_objs = [
Individual(ind_id=0, ind_index=0),
Individual(ind_id=1, ind_index=1),
]
#Mock a gemini variant
gemini_variant = {
'gts':genotypes,
'alt':'A'
}
assert adapter._is_variant(gemini_variant, ind_objs)
#Check with individuals that are hom ref
ind_objs = [
Individual(ind_id=0, ind_index=2),
Individual(ind_id=1, ind_index=3),
]
assert not adapter._is_variant(gemini_variant, ind_objs)
#Check with individual that has no call
ind_objs = [
Individual(ind_id=0, ind_index=4),
]
assert not adapter._is_variant(gemini_variant, ind_objs)