本文整理汇总了Python中puzzle.plugins.GeminiPlugin._add_genotypes方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python GeminiPlugin._add_genotypes方法的具体用法？Python GeminiPlugin._add_genotypes怎么用？Python GeminiPlugin._add_genotypes使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类puzzle.plugins.GeminiPlugin的用法示例。
在下文中一共展示了GeminiPlugin._add_genotypes方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_add_genotypes
# 需要导入模块: from puzzle.plugins import GeminiPlugin [as 别名]
# 或者: from puzzle.plugins.GeminiPlugin import _add_genotypes [as 别名]
def test_add_genotypes(self, variant):
adapter = GeminiPlugin()
gemini_variant = {
'gts': ['G/A', 'G/A', './.', './.', './.'],
'gt_depths': [17, 19, -1, -1, -1],
'gt_ref_depths': [10, 13, -1, -1, -1],
'gt_alt_depths': [7, 6, -1, -1, -1],
'gt_quals': [99, 99, -1, -1, -1],
}
ind = DotDict()
ind.ind_index = 0
ind.ind_id = '1'
ind.case_id = 'Case_1'
ind.phenotype = 2
ind_objs = [ind]
adapter._add_genotypes(variant, gemini_variant, ind_objs)
genotype = variant.individuals[0]
assert genotype.sample_id == ind.ind_id
assert genotype.sample_id == ind.ind_id
assert genotype.genotype == 'G/A'
assert genotype.case_id == ind.case_id
assert genotype.phenotype == ind.phenotype
assert genotype.ref_depth == 10
assert genotype.alt_depth == 7
assert genotype.depth == 17
assert genotype.genotype_quality == 99