本文整理汇总了Python中htmd.molecule.molecule.Molecule.rotateBy方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.rotateBy方法的具体用法？Python Molecule.rotateBy怎么用？Python Molecule.rotateBy使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类htmd.molecule.molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.rotateBy方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: _pointsOnSphere
# 需要导入模块: from htmd.molecule.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from htmd.molecule.molecule.Molecule import rotateBy [as 别名]
def _pointsOnSphere(radius, numsamples=1000):
pointcoords = np.zeros((numsamples, 3))
for i in range(numsamples):
point = Molecule()
point.empty(1)
point.moveBy([0, 0, radius])
point.rotateBy(uniformRandomRotation())
pointcoords[i, :] = np.squeeze(point.coords)
return pointcoords示例2: _loadMolecules
# 需要导入模块: from htmd.molecule.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from htmd.molecule.molecule.Molecule import rotateBy [as 别名]
def _loadMolecules(lipids, files):
from htmd.rotationmatrix import rotationMatrix
# Create Molecules
for l in lipids:
randidx = np.random.randint(len(files[l.resname]))
mol = Molecule(files[l.resname][randidx])
mol.filter('not water', _logger=False)
if l.xyz[2] < 0:
mol.rotateBy(rotationMatrix([1, 0, 0], np.deg2rad(180))) # Rotate the lower leaflet lipids upside down
l.mol = mol
l.rot = np.random.random() * 360 - 180 # Random starting rotation