本文整理汇总了Python中htmd.molecule.molecule.Molecule.charge方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Molecule.charge方法的具体用法？Python Molecule.charge怎么用？Python Molecule.charge使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类htmd.molecule.molecule.Molecule的用法示例。
在下文中一共展示了Molecule.charge方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: len
# 需要导入模块: from htmd.molecule.molecule import Molecule [as 别名]
# 或者: from htmd.molecule.molecule.Molecule import charge [as 别名]
mol.read(natsorted(xtcFile))
elif len(pdbFile):
mol.read(pdbFile[0])
else:
raise RuntimeError('No PDB or XTC')
coords = mol.coords
coords = coords[:, :, 0].squeeze()
rfa = False
cutoff = 0
if not np.all(mol.box == 0):
cutoff = np.min(mol.box) / 2 - 0.01
rfa = True
chargebackup = mol.charge.copy()
for force in ('angle', 'bond', 'dihedral', 'lennardjones', 'electrostatic'):
mol.charge = chargebackup.copy()
if len(psfFile):
struct = parmed.charmm.CharmmPsfFile(psfFile[0])
prm = parmed.charmm.CharmmParameterSet(*prmFiles)
keepForces(prm, struct, mol, forces=force)
elif len(prmtopFile):
struct = parmed.load_file(prmtopFile[0])
prm = parmed.amber.AmberParameterSet().from_structure(struct)
keepForces(prm, struct, mol, forces=force)
keepForcesAmber(struct, mol, forces=force)
energies, forces, atmnrg = FFEvaluate(mol, prm, cutoff=cutoff, rfa=rfa).calculate(mol.coords, mol.box)
energies = FFEvaluate.formatEnergies(energies[:, 0])
forces = forces[:, :, 0].squeeze()
omm_energies, omm_forces = openmm_energy(prm, struct, coords, box=mol.box, cutoff=cutoff)
ediff = compareEnergies(energies, omm_energies, abstol=abstol)