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Python Fasta.text方法代码示例

本文整理汇总了Python中TAMO.seq.Fasta.text方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Fasta.text方法的具体用法?Python Fasta.text怎么用?Python Fasta.text使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在TAMO.seq.Fasta的用法示例。


在下文中一共展示了Fasta.text方法的2个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: go

# 需要导入模块: from TAMO.seq import Fasta [as 别名]
# 或者: from TAMO.seq.Fasta import text [as 别名]
 def go(self):
     """Execution function: runs TAMO.MD.Meme.Meme and catches the output in self.output for access from MDAP."""
     import time
     
     # write a temp fasta file of coregulated seqs to use as input to Meme(file=TempFasta)
     ctimeStr  = time.ctime().replace(' ','_')
     fileName  = 'tempFastaOfCoRegSeqs.MDAP.%s.fas' %(ctimeStr)
     tFasta    = open(fileName, 'w')
     tFastaTxt = Fasta.text(self.coRegSeqs[0])
     tFasta.write(tFastaTxt)
     
     # Call TAMO to do its thing:
     self.output = Meme(file=fileName, width='', extra_args=self.extra_args, bfile=self.bfile)
     
     # delete temp file
     os.remove(fileName)
开发者ID:xguse,项目名称:gusPyProj,代码行数:18,代码来源:MD_wrappers.py

示例2: map

# 需要导入模块: from TAMO.seq import Fasta [as 别名]
# 或者: from TAMO.seq.Fasta import text [as 别名]
from TAMO.seq import Fasta
from gusPyCode.defs.bioDefs import geneList2FastaDict
from gusPyCode.defs.mosqData import promoterSeqPaths


geneList = map(lambda l: l.strip(), \
               open('/Users/biggus/Documents/James/Collaborations/Campbell/data/CCupAt4Days.gte2x.genes.txt', 'rU'))

sourceFasta = promoterSeqPaths.Aa_2000bpUp_hardMasked_shuf1

oFile = '/Users/biggus/Documents/James/Collaborations/Campbell/data/CCupAt4Days.gte2x.masked.shuffled.1.fas'





newFasta = geneList2FastaDict(geneList, sourceFasta, hardMasked=True)

newFasta = Fasta.text(newFasta)
    
oFile = open(oFile, 'w')
oFile.write(newFasta)

print 'Done'
开发者ID:xguse,项目名称:gusPyProj,代码行数:26,代码来源:geneList2Fasta.py


注:本文中的TAMO.seq.Fasta.text方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。