本文整理汇总了Python中TAMO.seq.Fasta.find方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Fasta.find方法的具体用法？Python Fasta.find怎么用？Python Fasta.find使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类TAMO.seq.Fasta的用法示例。
在下文中一共展示了Fasta.find方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: memefiles2tamo
# 需要导入模块: from TAMO.seq import Fasta [as 别名]
# 或者: from TAMO.seq.Fasta import find [as 别名]
def memefiles2tamo(files, tamoname):
global probefile, PROBESET, fsafile
motifs = []
for filename in files:
print ">>>SDFSD>F ",filename
if re.search('\.ace$',filename):
mdobject = AlignAce.AlignAce(filename)
if not mdobject.fastafile: mdobject.fastafile=filename.replace('.ace','.fsa')
elif re.search('\.meme.*$',filename):
mdobject = Meme.Meme(filename)
if not mdobject.fastafile:
mdobject.fastafile=re.sub('\..\.meme','.meme',filename).replace('.meme','.fsa')
motifs.extend(mdobject.motifs)
#fsaname = find_fsa(mdobject.fastafile)
print mdobject.fastafile
if fsafile: fsaname = fsafile
else: fsaname = Fasta.find(mdobject.fastafile)
fsaD = Fasta.load(fsaname)
probes = fsaD.keys()
if not probefile:
PROBESET = MotifMetrics.ProbeSet('YEAST')
#PROBESET= pick_genome(fsaname)
for key,seq in fsaD.items():
PROBESET.probes[key] = seq
for motif in motifs:
if motif.pvalue == 1: motif.pvalue = PROBESET.p_value(motif,probes,'v')
if motif.church == 1: motif.church = PROBESET.church(motif,probes,'v')
#if motif.E_site == None: motif.E_site = PROBESET.E_sitef(motif,probes,3,'v')
#if motif.E_chi2 == None: motif.E_chi2 = PROBESET.E_chi2(motif,probes,None,'v')
#if motif.E_seq == None: motif.E_seq = PROBESET.E_seq(motif,probes,'v')
if motif.ROC_auc== None: motif.ROC_auc= PROBESET.ROC_AUC(motif,probes,'v')
#if motif.MNCP == None: motif.MNCP = PROBESET.MNCP(motif,probes,'v')
if motif.frac == None: motif.frac = PROBESET.frac(motif,probes,'v',0.7)
if re.search('\.meme$',filename):
motif.MAP = -math.log(motif.evalue)/math.log(10)
if 0 and (motif.CRA == None):
try:
pass
CRA, Cfrac = PROBESET.cons_ROC_AUC(motif,probes,'v',tuple='YES')
motif.CRA = CRA
motif.Cfrac = Cfrac
except: pass
if re.search('\.meme$',filename):
mdobject.motifs.sort(lambda x,y: cmp(x.pvalue, y.pvalue))
else:
mdobject.motifs.sort(lambda x,y: cmp(x.church, y.church))
MotifTools.save_motifs(motifs,tamoname)