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Python Fasta.keys方法代码示例

本文整理汇总了Python中TAMO.seq.Fasta.keys方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Fasta.keys方法的具体用法?Python Fasta.keys怎么用?Python Fasta.keys使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在TAMO.seq.Fasta的用法示例。


在下文中一共展示了Fasta.keys方法的2个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: swp2swp

# 需要导入模块: from TAMO.seq import Fasta [as 别名]
# 或者: from TAMO.seq.Fasta import keys [as 别名]
def swp2swp(swp):
    'Converts, when possible, from P014543 to ADR1_YEAST'
    'Only works for yeast right now'
    global _swp2swp
    if not _swp2swp:
        lines = Fasta.keys(_SWPFASTA,key_func=lambda x:x)
        for line in lines:
            toks = line.split()
            text_name  = toks[1]
            numeric_name = toks[2]
            if text_name[0:2] == 'SW' and numeric_name[0] == 'P':
                _swp2swp[text_name[3:]]  = numeric_name
                _swp2swp[numeric_name]   = text_name[3:]
    if _swp2swp.has_key(swp):
        return _swp2swp[swp]
开发者ID:adamlabadorf,项目名称:TAMO,代码行数:17,代码来源:SGD.py

示例2: main

# 需要导入模块: from TAMO.seq import Fasta [as 别名]
# 或者: from TAMO.seq.Fasta import keys [as 别名]
def main():
    short_opts = 'f:'
    long_opts  = ['genome=', 'range=', 'top=', 'pcnt=', 'bgfile=']
    try:   opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], short_opts, long_opts)
    except getopt.GetoptError:
        print getopt.GetoptError.__dict__
        usage()
    if not opts: usage()

    fastafile = ''
    top_count = 10
    top_pcnt  = None
    genome    = 'YEAST'
    w_start   = 8
    w_stop    = 15
    bgfile    = MDSCAN_DIR + 'yeast_int.bg'
    for opt,value in opts:
        if opt == '-f':         fastafile = value
        if opt == '--genome':   genome    = value
        if opt == '--top':      top_count = int(value)
        if opt == '--pcnt':     top_pcnt  = float(value)
        if opt == '--range':    w_start,w_stop= [int(x) for x in value.split(',')]

    print "#" + ' '.join(sys.argv)
    probeids = Fasta.keys(fastafile)
    Genome = MotifMetrics.ProbeSet(genome)

    probeids = Genome.filter(probeids)

    if top_pcnt: top_count = max(top_count,int(top_pcnt/100.0 * len(probeids)))

    theMeta = metaMDscan(fastafile,w_start,w_stop,top_count)

    for m in theMeta.motifs:
        m.pvalue = Genome.p_value(m,probeids,'v')
        m.church = Genome.church(m,probeids,'v')
        sys.stdout.flush()

    theMeta.motifs.sort(lambda x,y: cmp(x.pvalue,y.pvalue))
    print_motifs(theMeta.motifs)
开发者ID:adamlabadorf,项目名称:TAMO,代码行数:42,代码来源:MDscan.py


注:本文中的TAMO.seq.Fasta.keys方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。