本文整理汇总了Python中Sire.System.setSpace方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python System.setSpace方法的具体用法？Python System.setSpace怎么用？Python System.setSpace使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Sire.System的用法示例。
在下文中一共展示了System.setSpace方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: PDB
# 需要导入模块: from Sire import System [as 别名]
# 或者: from Sire.System import setSpace [as 别名]
PDB().write(mols, "test0000.pdb")
space = PeriodicBox( (0,0,0), (10,10,10) )
switchfunc = HarmonicSwitchingFunction( 4.5, 4.0 )
ljff = InterLJFF(space, switchfunc)
ljff.add(mols)
ffields = ForceFields()
ffields.add(ljff)
all_mols = MoleculeGroup("all", mols)
system = System(all_mols, ffields)
system.setSpace(space)
mc = RigidBodyMC( UniformSampler(all_mols) )
mc.setMaximumTranslation( 0.1 * angstrom )
volmc = VolumeMove( MapAsMolecules(all_mols) )
volmc.setVolumeChangingFunction( UniformVolumeChange(50 * angstrom3) )
moves = WeightedMoves()
moves.add(mc, 125)
moves.add(volmc, 1)
for i in range(1,1001):
print("Running block %d" % i)
timer.start()