本文整理汇总了Python中MAST.ingredients.chopingredient.ChopIngredient.give_neb_structures_to_neb方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python ChopIngredient.give_neb_structures_to_neb方法的具体用法？Python ChopIngredient.give_neb_structures_to_neb怎么用？Python ChopIngredient.give_neb_structures_to_neb使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类MAST.ingredients.chopingredient.ChopIngredient的用法示例。
在下文中一共展示了ChopIngredient.give_neb_structures_to_neb方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_give_neb_structures_to_neb
# 需要导入模块: from MAST.ingredients.chopingredient import ChopIngredient [as 别名]
# 或者: from MAST.ingredients.chopingredient.ChopIngredient import give_neb_structures_to_neb [as 别名]
def test_give_neb_structures_to_neb(self):
ingdir="%s/writedir/neb_labelinit-labelfin" % testdir
recipedir="%s/writedir" % testdir
topmetad = MASTFile("files/top_metadata_neb")
topmetad.data.append("origin_dir = %s/files\n" % testdir) #give origin directory
topmetad.to_file("writedir/metadata.txt")
metad = MASTFile("files/metadata_neb")
metad.to_file("%s/metadata.txt" % ingdir)
kdict=dict()
kdict['mast_program'] = 'vasp_neb'
kdict['mast_neb_settings']=dict()
kdict['mast_neb_settings']['images'] = 3
my_structure = pymatgen.io.vaspio.Poscar.from_file("files/perfect_structure").structure
myrelaxed=dict()
for subdir in ['00','01','02','03','04']:
os.mkdir("writedir/neb_labelinit-labelfin/%s" % subdir)
myrelaxed[subdir] = MASTFile("files/POSCAR_%s" % subdir)
myrelaxed[subdir].to_file("writedir/neb_labelinit-labelfin/%s/CONTCAR" % subdir)
myuci = ChopIngredient(name=ingdir,program_keys=kdict, structure=my_structure)
myuci.give_neb_structures_to_neb("next_ingred")
for subdir in ['01','02','03']:
givenstr = MASTFile("%s/writedir/next_ingred/parent_structure_labelinit-labelfin_%s" % (testdir,subdir))
self.assertEqual(myrelaxed[subdir].data, givenstr.data)