Python PipelineLncRNA.splitAlignedFasta方法代码示例

本文整理汇总了Python中CGATPipelines.PipelineLncRNA.splitAlignedFasta方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python PipelineLncRNA.splitAlignedFasta方法的具体用法？Python PipelineLncRNA.splitAlignedFasta怎么用？Python PipelineLncRNA.splitAlignedFasta使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类CGATPipelines.PipelineLncRNA的用法示例。

在下文中一共展示了PipelineLncRNA.splitAlignedFasta方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: splitLncRNAFasta

# 需要导入模块: from CGATPipelines import PipelineLncRNA [as 别名]
# 或者: from CGATPipelines.PipelineLncRNA import splitAlignedFasta [as 别名]
def splitLncRNAFasta(infile, outfiles):
    out_dir = "./phyloCSF/lncrna_fasta"

    name_dict = {}
    for mapping in PARAMS["phyloCSF_map_species_names"].split(","):
        pair = mapping.split(":")
        key = ">" + pair[0]
        value = ">" + pair[1]
        name_dict[key] = value
    E.info("Name mapping: %s" % name_dict)

    PipelineLncRNA.splitAlignedFasta(infile, out_dir, name_dict)

注：本文中的CGATPipelines.PipelineLncRNA.splitAlignedFasta方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台，相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目，源码版权归原作者所有，传播和使用请参考对应项目的License；未经允许，请勿转载。