本文整理汇总了Python中Tree.updateNexus方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Tree.updateNexus方法的具体用法？Python Tree.updateNexus怎么用？Python Tree.updateNexus使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Tree的用法示例。
在下文中一共展示了Tree.updateNexus方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: open
# 需要导入模块: import Tree [as 别名]
# 或者: from Tree import updateNexus [as 别名]
tree = None,
branch_scale = 0,
height_scale = 0,
)
(options, args) = Experiment.Start( parser, add_pipe_options = True )
if options.filename_tree:
tree_lines = open(options.filename_tree, "r").readlines()
elif options.tree:
tree_lines = options.tree
else:
raise "please supply a species tree."
nexus = TreeTools.Newick2Nexus( tree_lines )
Tree.updateNexus( nexus )
tree = nexus.trees[0]
if options.loglevel >= 2:
tree.display()
plot = SVGTree( tree )
plot.setBranchScale( options.branch_scale )
plot.setHeightScale( options.height_scale )
if options.colour_by_species:
rx = re.compile(options.species_regex)
extract_species = lambda x: rx.search( x ).groups()[0]
plot.setDecoratorExternalNodes( NodeDecoratorBySpecies( tree, extract_species= extract_species ) )