本文整理汇总了Python中RNA.read_parameter_file方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python RNA.read_parameter_file方法的具体用法？Python RNA.read_parameter_file怎么用？Python RNA.read_parameter_file使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类RNA的用法示例。
在下文中一共展示了RNA.read_parameter_file方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: range
# 需要导入模块: import RNA [as 别名]
# 或者: from RNA import read_parameter_file [as 别名]
_INACTIVE_TOLERANCE = args.INACTIVE_TOLERANCE
_ENERGY_THRESHOLD = args.ENERGY_THRESHOLD
_MAX_ENERGY_DIFFERENCE = args.MAX_ENERGY_DIFFERENCE
_STEM_LENGTH = args.STEM_LENGTH
_SHIFT = args.SHIFT
_ENTROPY = args.ENTROPY
_5PRIME = args.fprime.upper()
_APTAMER = args.aptamer.upper()
_3PRIME = args.tprime.upper()
paramspath = os.path.join(args.VIENNA_PATH, args.PARAMS)
if not os.path.exists(paramspath):
paramspath = args.PARAMS
RNA.read_parameter_file(paramspath)
print _5PRIME
print _APTAMER
print _3PRIME
for i in range(100000):
shift0 = _STEM_LENGTH
shift1 = _SHIFT
# random.choice(range(2,shift0))
a = full_hairpin_stem(
_5PRIME,
_3PRIME,
_APTAMER,
shift0,
prep_sec1_left(_5PRIME, _3PRIME, _APTAMER, shift0),
prep_sec2_left(_5PRIME, _3PRIME, _APTAMER, shift1, shift0),