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C# Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex方法代码示例

本文整理汇总了C#中Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C# Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex方法的具体用法?C# Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex怎么用?C# Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Sample的用法示例。


在下文中一共展示了Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C#代码示例。

示例1: GetSampleLines

        private IEnumerable<string> GetSampleLines(Sample s, List<string> keyList)
        {
            var lines = new List<string>();

            foreach (string runFolder in s.RunFolders)
            {
                List<string> indexPairs = s.GetIndexPairsForRunFolder(runFolder);
                foreach (string indexPair in indexPairs)
                {
                    List<int> lanes = s.GetLanesForRunFolderAndIndex(runFolder, indexPair);
                    lanes.Sort();
                    string lanesString = "";
                    HashSet<int> allLanes = new HashSet<int>(GetAllLanes());
                    if (!allLanes.SetEquals(lanes))
                        lanesString = string.Join("+", lanes);

                    List<string> line = new List<string>();
                    foreach (string key in keyList)
                    {
                        switch (key.ToLowerInvariant())
                        {
                            case "runfolder":
                                line.Add(runFolder);
                                break;
                            case "sampleid":
                            case "sample_id":
                                line.Add(s.SampleID);
                                break;
                            case "index":
                                string[] splat = indexPair.Split('|');
                                line.Add(splat[0]);
                                break;
                            case "index2":
                                string[] splat2 = indexPair.Split('|');
                                line.Add(splat2[1]);
                                break;
                            case "genomefolder":
                            case "genome":
                                line.Add(s.GenomePath);
                                break;
                            case "samplename":
                            case "sample_name":
                                line.Add(s.Name);
                                break;
                            case "manifest":
                                string manifestKey = ManifestLookup.FirstOrDefault(kvp => kvp.Value == s.ManifestFileName).Key;
                                if (manifestKey == null && s.ManifestFileName.StartsWith(Sample.UnknownManifest))
                                    manifestKey = s.ManifestFileName.Replace(Sample.UnknownManifest, "");
                                line.Add(manifestKey ?? string.Empty);
                                break;
                            case "lane":
                            case "lanes":
                                line.Add(lanesString);
                                break;
                            case "sample_project":
                            case "sampleproject":
                            case "project":
                                line.Add(s.SampleProject);
                                break;
                            case "genesfolder":
                                line.Add(s.GenesFolder);
                                break;
                            case "fastqfolder":
                                line.Add(s.FastqFolder);
                                break;
                            default:
                                line.Add(GetCustomDataColumn(key.ToLowerInvariant(), s));
                                break;
                        }
                    }
                    lines.Add(CSVWriter.GetLine(line.ToArray()));
                }
            }
            return lines;
        }
开发者ID:abladon,项目名称:canvas,代码行数:75,代码来源:SampleSheet.cs


注:本文中的Sample.GetLanesForRunFolderAndIndex方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。