R getVarCov 提取方差-协方差矩阵

说明

从拟合模型(例如混合效应模型)中提取方差-协方差矩阵。

用法

getVarCov(obj, ...)
## S3 method for class 'lme'
getVarCov(obj, individuals,
    type = c("random.effects", "conditional", "marginal"), ...)
## S3 method for class 'gls'
getVarCov(obj, individual = 1, ...)

参数

obj	合身的模型。方法可用于 lme 和 gls 拟合的模型
individuals	对于由 lme 拟合的模型，可以为条件矩阵或边际方差-协方差矩阵指定分组因子级别的向量。
individual	对于 gls 拟合的模型，提供的唯一类型的方差-协方差矩阵是按组响应的边际方差-协方差。可选参数individual指定响应组。
type	对于由 lme 拟合的模型，type 参数指定方差-协方差矩阵的类型，"random.effects" 表示 random-effects 方差-协方差(默认)，或 "conditional" 表示条件。响应的方差-协方差或"marginal" 响应的边际方差-协方差。
...	某些方法的可选参数，如上所述

值

方差-协方差矩阵或方差-协方差矩阵列表。

例子

fm1 <- lme(distance ~ age, data = Orthodont, subset = Sex == "Female")
getVarCov(fm1)
getVarCov(fm1, individual = "F01", type = "marginal")
getVarCov(fm1, type = "conditional")
fm2 <- gls(follicles ~ sin(2*pi*Time) + cos(2*pi*Time), Ovary,
           correlation = corAR1(form = ~ 1 | Mare))
getVarCov(fm2)

作者

Mary Lindstrom lindstro@biostat.wisc.edu

也可以看看

lme , gls