本文整理汇总了Python中skbio.Alignment.update_ids方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Alignment.update_ids方法的具体用法？Python Alignment.update_ids怎么用？Python Alignment.update_ids使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类skbio.Alignment的用法示例。
在下文中一共展示了Alignment.update_ids方法的2个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_update_ids_sequence_attributes_propagated
# 需要导入模块: from skbio import Alignment [as 别名]
# 或者: from skbio.Alignment import update_ids [as 别名]
def test_update_ids_sequence_attributes_propagated(self):
# 1 seq
exp_sc = Alignment([
DNA('ACGT', id="abc", description='desc', quality=range(4))
])
exp_id_map = {'abc': 'seq1'}
obj = Alignment([
DNA('ACGT', id="seq1", description='desc', quality=range(4))
])
obs_sc, obs_id_map = obj.update_ids(ids=('abc',))
self._assert_sequence_collections_equal(obs_sc, exp_sc)
self.assertEqual(obs_id_map, exp_id_map)
# 2 seqs
exp_sc = Alignment([
DNA('ACGT', id="abc", description='desc1', quality=range(4)),
DNA('TGCA', id="def", description='desc2', quality=range(4)[::-1])
])
exp_id_map = {'abc': 'seq1', 'def': 'seq2'}
obj = Alignment([
DNA('ACGT', id="seq1", description='desc1', quality=(0, 1, 2, 3)),
DNA('TGCA', id="seq2", description='desc2', quality=(3, 2, 1, 0))
])
obs_sc, obs_id_map = obj.update_ids(ids=('abc', 'def'))
self._assert_sequence_collections_equal(obs_sc, exp_sc)
self.assertEqual(obs_id_map, exp_id_map)示例2: test_update_ids_sequence_attributes_propagated
# 需要导入模块: from skbio import Alignment [as 别名]
# 或者: from skbio.Alignment import update_ids [as 别名]
def test_update_ids_sequence_attributes_propagated(self):
# 1 seq
exp_sc = Alignment([
DNA('ACGT', metadata={'id': "abc", 'description': 'desc'},
positional_metadata={'quality': range(4)})
])
exp_id_map = {'abc': 'seq1'}
obj = Alignment([
DNA('ACGT', metadata={'id': "seq1", 'description': 'desc'},
positional_metadata={'quality': range(4)})
])
obs_sc, obs_id_map = obj.update_ids(ids=('abc',))
self.assertEqual(obs_sc, exp_sc)
self.assertEqual(obs_id_map, exp_id_map)
# 2 seqs
exp_sc = Alignment([
DNA('ACGT', metadata={'id': "abc", 'description': 'desc1'},
positional_metadata={'quality': range(4)}),
DNA('TGCA', metadata={'id': "def", 'description': 'desc2'},
positional_metadata={'quality': range(4)[::-1]})
])
exp_id_map = {'abc': 'seq1', 'def': 'seq2'}
obj = Alignment([
DNA('ACGT', metadata={'id': "seq1", 'description': 'desc1'},
positional_metadata={'quality': (0, 1, 2, 3)}),
DNA('TGCA', metadata={'id': "seq2", 'description': 'desc2'},
positional_metadata={'quality': (3, 2, 1, 0)})
])
obs_sc, obs_id_map = obj.update_ids(ids=('abc', 'def'))
self.assertEqual(obs_sc, exp_sc)
self.assertEqual(obs_id_map, exp_id_map)