本文整理汇总了Python中skbio.Alignment.from_fasta_records方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Alignment.from_fasta_records方法的具体用法？Python Alignment.from_fasta_records怎么用？Python Alignment.from_fasta_records使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类skbio.Alignment的用法示例。
在下文中一共展示了Alignment.from_fasta_records方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_generate_lane_mask
# 需要导入模块: from skbio import Alignment [as 别名]
# 或者: from skbio.Alignment import from_fasta_records [as 别名]
def test_generate_lane_mask(self):
sample_alignment = """>1
AAAAT
>2
AAAGG
>3
AACCC
>4
A----""".split('\n')
aln = Alignment.from_fasta_records(parse_fasta(sample_alignment), DNA)
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.00)
self.assertEqual(actual_lanemask, "11111")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.10)
self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.20)
self.assertEqual(actual_lanemask, "11100")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.40)
self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.60)
self.assertEqual(actual_lanemask, "11000")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 0.80)
self.assertEqual(actual_lanemask, "10000")
actual_lanemask = generate_lane_mask(aln, 1.00)
self.assertEqual(actual_lanemask, "00000")