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Python AlignmentList.filter_missing_data方法代码示例

本文整理汇总了Python中process.sequence.AlignmentList.filter_missing_data方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python AlignmentList.filter_missing_data方法的具体用法?Python AlignmentList.filter_missing_data怎么用?Python AlignmentList.filter_missing_data使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在process.sequence.AlignmentList的用法示例。


在下文中一共展示了AlignmentList.filter_missing_data方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: AlignmentMissingFiltersTest

# 需要导入模块: from process.sequence import AlignmentList [as 别名]
# 或者: from process.sequence.AlignmentList import filter_missing_data [as 别名]
class AlignmentMissingFiltersTest(unittest.TestCase):

    def setUp(self):

        if not os.path.exists(temp_dir):
            os.makedirs(temp_dir)

        self.aln_obj = AlignmentList([], sql_db=sql_db)

    def tearDown(self):

        self.aln_obj.clear_alignments()
        self.aln_obj.con.close()
        shutil.rmtree(temp_dir)

    def test_filter_default(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data.phy",
             "trifusion/tests/data/missing_data2.phy"]
        )
        self.aln_obj.filter_missing_data(25, 50)

        s = []
        for aln in self.aln_obj:
            s.append(aln.locus_length)

        self.assertEqual(s, [42, 43])

    def test_filter_and_concat(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data.phy",
             "trifusion/tests/data/missing_data2.phy"]
        )

        self.aln_obj.filter_missing_data(25, 50, table_out="master_out")

        self.aln_obj.concatenate(table_in="master_out")

        self.assertEqual(self.aln_obj.size, 85)

    def test_no_filters(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data.phy",
             "trifusion/tests/data/missing_data2.phy"]
        )

        self.aln_obj.filter_missing_data(100, 100)

        s = []
        for aln in self.aln_obj:
            s.append(aln.locus_length)

        self.assertEqual(s, [50, 50])

    def test_no_missing(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data.phy",
             "trifusion/tests/data/missing_data2.phy"]
        )
        self.aln_obj.filter_missing_data(0, 0)

        s = []
        for aln in self.aln_obj:
            s.append(aln.locus_length)

        self.assertEqual(s, [0, 19])

    def test_no_data_aln_default_filters(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data3.phy"]
        )

        self.aln_obj.filter_missing_data(25, 50)

        s = None
        for aln in self.aln_obj:
            s = aln.locus_length

        self.assertEqual(s, 0)

    def test_no_data_aln_no_filters(self):

        self.aln_obj.add_alignment_files(
            ["trifusion/tests/data/missing_data3.phy"]
        )

        self.aln_obj.filter_missing_data(100, 100)

        s = None
        for aln in self.aln_obj:
            s = aln.locus_length

        self.assertEqual(s, 50)
开发者ID:ODiogoSilva,项目名称:TriFusion,代码行数:100,代码来源:test_process_filters.py


注:本文中的process.sequence.AlignmentList.filter_missing_data方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。