本文整理汇总了Python中pbcore.io.AlignmentSet.refInfo方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python AlignmentSet.refInfo方法的具体用法？Python AlignmentSet.refInfo怎么用？Python AlignmentSet.refInfo使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类pbcore.io.AlignmentSet的用法示例。
在下文中一共展示了AlignmentSet.refInfo方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_referenceInfoTableMerging
# 需要导入模块: from pbcore.io import AlignmentSet [as 别名]
# 或者: from pbcore.io.AlignmentSet import refInfo [as 别名]
def test_referenceInfoTableMerging(self):
log.info("Testing refIds, etc. after merging")
ds = DataSet(data.getXml(17))
also_lambda = ds.toExternalFiles()[0]
aln = AlignmentSet(data.getBam(0), data.getBam(0), also_lambda)
readers = aln.resourceReaders()
ids = sorted([i for _, i in aln.refInfo('ID')])
self.assertEqual(range(len(ids)), ids)
accNames = aln.refNames
expNames = reduce(np.append,
[reader.referenceInfoTable['Name']
for reader in readers])
expNames = np.unique(expNames)
self.assertEqual(sorted(expNames), sorted(accNames))
accNames = aln.fullRefNames
expNames = reduce(np.append,
[reader.referenceInfoTable['FullName']
for reader in readers])
expNames = np.unique(expNames)
self.assertEqual(sorted(expNames), sorted(accNames))