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Python Pairs.toVienna方法代码示例

本文整理汇总了Python中cogent.struct.rna2d.Pairs.toVienna方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Pairs.toVienna方法的具体用法?Python Pairs.toVienna怎么用?Python Pairs.toVienna使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在cogent.struct.rna2d.Pairs的用法示例。


在下文中一共展示了Pairs.toVienna方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: test_toVienna

# 需要导入模块: from cogent.struct.rna2d import Pairs [as 别名]
# 或者: from cogent.struct.rna2d.Pairs import toVienna [as 别名]
    def test_toVienna(self):
        """Pairs toVienna() should return a ViennaStructure if possible"""
        a = Pairs([(1,5),(3,4),(6,9),(7,8)]) #normal
        b = Pairs([(0,4),(2,6)]) #pseudoknot
        c = Pairs([(1,6),(3,6),(4,5)]) #conflict
        d = Pairs([(1,6),(3,None)])
        e = Pairs([(1,9),(8,2),(7,3)]) #not directed
        f = Pairs([(1,6),(2,5),(10,15),(14,11)]) # not directed

        self.assertEqual(a.toVienna(10),'.(.())(())')
        self.assertEqual(a.toVienna(13,offset=3),'....(.())(())')
        
        self.assertRaises(PairError,b.toVienna,7) #pseudoknot NOT accepted
        self.assertRaises(Exception,b.toVienna,7) #old test for exception
        self.assertRaises(ValueError,c.toVienna,7)
        
        #pairs containging None are being skipped
        self.assertEquals(d.toVienna(7),'.(....)')
        
        #raises error when trying to insert at non-existing indices
        self.assertRaises(IndexError,a.toVienna,3)

        self.assertEqual(Pairs().toVienna(3),'...')
        
        #test when parsing in the sequence
        self.assertEqual(a.toVienna('ACGUAGCUAG'),'.(.())(())')
        self.assertEqual(a.toVienna(Rna('AACCGGUUAGCUA'), offset=3),\
            '....(.())(())')
       
        self.assertEqual(e.toVienna(10),'.(((...)))')
        self.assertEqual(f.toVienna(20),'.((..))...((..))....')
开发者ID:carze,项目名称:clovr-base,代码行数:33,代码来源:test_rna2d.py


注:本文中的cogent.struct.rna2d.Pairs.toVienna方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。