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Python Pairs.remove方法代码示例

本文整理汇总了Python中cogent.struct.rna2d.Pairs.remove方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Pairs.remove方法的具体用法?Python Pairs.remove怎么用?Python Pairs.remove使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在cogent.struct.rna2d.Pairs的用法示例。


在下文中一共展示了Pairs.remove方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: compare_pairs_mapping

# 需要导入模块: from cogent.struct.rna2d import Pairs [as 别名]
# 或者: from cogent.struct.rna2d.Pairs import remove [as 别名]
def compare_pairs_mapping(one, other, one_to_other):
    """Returns intersection/union given a mapping from the first pairs to second

    Use in case the numbering of the two Pairs object don't correspond.
    Sort of aligning two ungapped sequences and comparing their Pairs
    object via a mapping. 
    
    one: list of tuples or Pairs object
    other: list of tuples or Pairs object
    one_to_other: mapping of positions in first pairs object to positions
        in second pairs object.
    For example:
    # pos in first seq, base, pos in second seq
    #1 U 0
    #2 C 1
    #3 G 2
    #4 A 3
    #  A 4
    #5 C 5
    #6 C 6
    #7 U 
    #8 G 7

    mapping = {1:0, 2:1, 3:2, 4:3, 5:5, 6:6, 7:None, 8:7}
    """
    if not one and not other:
        return 1.0
    just_in_first = 0
    just_in_second = 0
    in_both = 0
    pairs1 = Pairs(one).directed() #removes duplicates
    pairs2 = Pairs(other).directed()
    for x,y in pairs1:
        other_match = (one_to_other[x],one_to_other[y])
        if other_match in pairs2:
            in_both += 1
            pairs2.remove(other_match)
        else:
            just_in_first += 1
    just_in_second += len(pairs2)

    return in_both/(just_in_first + in_both + just_in_second)
开发者ID:chungtseng,项目名称:pycogent,代码行数:44,代码来源:pairs_util.py


注:本文中的cogent.struct.rna2d.Pairs.remove方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。