本文整理汇总了Python中cogent.seqsim.usage.Rates.toSimilarProbs方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Rates.toSimilarProbs方法的具体用法？Python Rates.toSimilarProbs怎么用？Python Rates.toSimilarProbs使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类cogent.seqsim.usage.Rates的用法示例。
在下文中一共展示了Rates.toSimilarProbs方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_toSimilarProbs
# 需要导入模块: from cogent.seqsim.usage import Rates [as 别名]
# 或者: from cogent.seqsim.usage.Rates import toSimilarProbs [as 别名]
def test_toSimilarProbs(self):
"""Rates toSimilarProbs should match individual steps"""
a = self.abc_pairs
p = Probs([0.75, 0.1, 0.15, 0.2, 0.7, 0.1, 0.05, 0.15, 0.8], a)
q = p.toRates()
self.assertEqual(q.toSimilarProbs(0.5), \
q.toProbs(q.timeForSimilarity(0.5)))
#test a case that didn't work for DNA
q = Rates(array(
[[-0.64098451, 0.0217681 , 0.35576469, 0.26345171],
[ 0.31144238, -0.90915091, 0.25825858, 0.33944995],
[ 0.01578521, 0.43162879, -0.99257581, 0.54516182],
[ 0.13229986, 0.04027147, 0.05817791, -0.23074925]]),
DnaPairs)
p = q.toSimilarProbs(0.66)
self.assertFloatEqual(average(diagonal(p._data), axis=0), 0.66)