本文整理汇总了Python中cogent.seqsim.usage.Rates.fixNegsReflect方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Rates.fixNegsReflect方法的具体用法？Python Rates.fixNegsReflect怎么用？Python Rates.fixNegsReflect使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类cogent.seqsim.usage.Rates的用法示例。
在下文中一共展示了Rates.fixNegsReflect方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: test_fixNegsReflect
# 需要导入模块: from cogent.seqsim.usage import Rates [as 别名]
# 或者: from cogent.seqsim.usage.Rates import fixNegsReflect [as 别名]
def test_fixNegsReflect(self):
"""Rates fixNegsReflect should reflect negatives across diagonal"""
ab = Alphabet('ab')**2
#should leave matrix alone if no off-diagonal elements
q = Rates([0,0,1,-1], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[0,0],[1,-1]]))
q = Rates([-2,2,1,-1], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[-2,2],[1,-1]]))
#should work if precisely one off-diag element in a pair is negative
q = Rates([2,-2,1,-1], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[0,0],[3,-3]]))
q = Rates([-1,1,-2,2], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[-3,3],[0,-0]]))
#should work if both off-diag elements in a pair are negative
q = Rates([1,-1,-2,2], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[-2,2],[1,-1]]))
q = Rates([2,-2,-1,1], ab)
self.assertEqual(q.fixNegsReflect()._data, array([[-1,1],[2,-2]]))
q = Rates([[ 0, 3, -2, -1],
[ 2, -1, 2, -3],
[-1, -1, 2, 0],
[-3, 2, 0, 1]], RnaPairs)
q2 = q.fixNegsReflect()
self.assertEqual(q2._data, \
array([[-7, 3, 1, 3],
[ 2, -5, 3, 0],
[ 2, 0, -2, 0],
[ 1, 5, 0, -6]]))