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Python Atom.set_epot方法代码示例

本文整理汇总了Python中atom.Atom.set_epot方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Atom.set_epot方法的具体用法?Python Atom.set_epot怎么用?Python Atom.set_epot使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在atom.Atom的用法示例。


在下文中一共展示了Atom.set_epot方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1: read_pmd

# 需要导入模块: from atom import Atom [as 别名]
# 或者: from atom.Atom import set_epot [as 别名]
 def read_pmd(self,fname='pmd0000'):
     f=open(fname,'r')
     # 1st: lattice constant
     self.alc= float(f.readline().split()[0])
     # 2nd-4th: cell vectors
     # for i in range(3):
     #     data= f.readline().split()
     #     self.a1[i]= float(data[0])
     #     self.a2[i]= float(data[1])
     #     self.a3[i]= float(data[2])
     self.a1= np.array([float(x) for x in f.readline().split()])
     self.a2= np.array([float(x) for x in f.readline().split()])
     self.a3= np.array([float(x) for x in f.readline().split()])
     # 5th-7th: velocity of cell vectors
     tmp= f.readline().split()
     tmp= f.readline().split()
     tmp= f.readline().split()
     # 8st: num of atoms
     natm= int(f.readline().split()[0])
     # 9th-: atom positions
     self.atoms= []
     symbol = None
     for i in range(natm):
         data= [float(x) for x in f.readline().split()]
         ai= Atom()
         ai.decode_tag(data[0])
         if self.specorder:
             symbol = self.specorder[ai.sid-1]
         if symbol and ai.symbol != symbol:
             ai.set_symbol(symbol)
         ai.set_pos(data[1],data[2],data[3]) # position
         ai.set_vel(data[4],data[5],data[6]) # velocity
         ai.set_ekin(data[7])
         ai.set_epot(data[8])
         ai.set_strs(data[9],data[10],data[11],
                     data[12],data[13],data[14])
         self.atoms.append(ai)
     f.close()
开发者ID:,项目名称:,代码行数:40,代码来源:


注:本文中的atom.Atom.set_epot方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。