本文整理汇总了Python中Table.Table.get_row_by_func方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Table.get_row_by_func方法的具体用法?Python Table.get_row_by_func怎么用?Python Table.get_row_by_func使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Table.Table
的用法示例。
在下文中一共展示了Table.get_row_by_func方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1:
# 需要导入模块: from Table import Table [as 别名]
# 或者: from Table.Table import get_row_by_func [as 别名]
gid_cnctype=gid_cnctype.de_redundency()
gid_cnctype=gid_cnctype.key_by('gid','index')
coding=gid_cnctype.eget('union','_index=coding')
noncoding=gid_cnctype.eget('union','_index=noncoding')
ambiguity=gid_cnctype.eget('union','_index=coding,noncoding','_index=noncoding,coding')
exon_number=gtf.getExon()
transform_index.left_join(1,exon_number,1)
transform_index=transform_index.get_row_by_func(check_lncRNA)
all_gids=de_redundency(tid_gid.getCol('gid'))
C=coding.getCol('gid')
print "Novel coding genes:",len(C)
N=noncoding.getCol('gid')
AM=ambiguity.getCol('gid')
print "Ambiguous genes:",len(AM)
lnc=de_redundency(transform_index.getCol('gid'))
lnc=intersect_array(N,lnc)
print "Novel lincRNA genes:",len(lnc)
discard=sub_array(all_gids,C)
discard=sub_array(discard,AM)
discard=sub_array(discard,lnc)
print "Filter out noncoding genes:",len(discard)