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Python Table.get_row_by_func方法代码示例

本文整理汇总了Python中Table.Table.get_row_by_func方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:Python Table.get_row_by_func方法的具体用法?Python Table.get_row_by_func怎么用?Python Table.get_row_by_func使用的例子?那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Table.Table的用法示例。


在下文中一共展示了Table.get_row_by_func方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。

示例1:

# 需要导入模块: from Table import Table [as 别名]
# 或者: from Table.Table import get_row_by_func [as 别名]
gid_cnctype=gid_cnctype.de_redundency()

gid_cnctype=gid_cnctype.key_by('gid','index')


coding=gid_cnctype.eget('union','_index=coding')

noncoding=gid_cnctype.eget('union','_index=noncoding')

ambiguity=gid_cnctype.eget('union','_index=coding,noncoding','_index=noncoding,coding')


exon_number=gtf.getExon()
transform_index.left_join(1,exon_number,1)

transform_index=transform_index.get_row_by_func(check_lncRNA)


all_gids=de_redundency(tid_gid.getCol('gid'))
C=coding.getCol('gid')
print "Novel coding genes:",len(C)
N=noncoding.getCol('gid')
AM=ambiguity.getCol('gid')
print "Ambiguous genes:",len(AM)
lnc=de_redundency(transform_index.getCol('gid'))
lnc=intersect_array(N,lnc)
print "Novel lincRNA genes:",len(lnc)
discard=sub_array(all_gids,C)
discard=sub_array(discard,AM)
discard=sub_array(discard,lnc)
print "Filter out noncoding genes:",len(discard)
开发者ID:ryys1122,项目名称:CNCI,代码行数:33,代码来源:filter_novel_lincRNA.py


注:本文中的Table.Table.get_row_by_func方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。