本文整理汇总了Python中Table.Table.getCol方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Table.getCol方法的具体用法？Python Table.getCol怎么用？Python Table.getCol使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Table.Table的用法示例。
在下文中一共展示了Table.getCol方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1:
# 需要导入模块: from Table import Table [as 别名]
# 或者: from Table.Table import getCol [as 别名]
ambiguity=gid_cnctype.eget('union','_index=coding,noncoding','_index=noncoding,coding')
exon_number=gtf.getExon()
transform_index.left_join(1,exon_number,1)
transform_index=transform_index.get_row_by_func(check_lncRNA)
all_gids=de_redundency(tid_gid.getCol('gid'))
C=coding.getCol('gid')
print "Novel coding genes:",len(C)
N=noncoding.getCol('gid')
AM=ambiguity.getCol('gid')
print "Ambiguous genes:",len(AM)
lnc=de_redundency(transform_index.getCol('gid'))
lnc=intersect_array(N,lnc)
print "Novel lincRNA genes:",len(lnc)
discard=sub_array(all_gids,C)
discard=sub_array(discard,AM)
discard=sub_array(discard,lnc)
print "Filter out noncoding genes:",len(discard)
gene_class=classify(C,lnc,AM,discard)
gene_class.set_colnames('gene_id','class')
gene_class.write_to_file(Gene_Info)
gtf.sub_gtf(gtf.get_tid(discard)).write_to_file(snc_gtf)
gtf.sub_gtf(gtf.get_tid(lnc)).write_to_file(lnc_gtf)
gtf.sub_gtf(gtf.get_tid(C)).write_to_file(coding_gtf)
gtf.sub_gtf(gtf.get_tid(AM)).write_to_file(cnc_gtf)