本文整理汇总了Python中MolKit.Read.LPO方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Read.LPO方法的具体用法？Python Read.LPO怎么用？Python Read.LPO使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类MolKit.Read的用法示例。
在下文中一共展示了Read.LPO方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: in
# 需要导入模块: from MolKit import Read [as 别名]
# 或者: from MolKit.Read import LPO [as 别名]
verbose = True
if verbose: print 'set verbose to ', True
if o in ('-h', '--'):
usage()
sys.exit()
if not pdbqt_filename:
print 'repair_ligand4: pdbqt_filename must be specified.'
usage()
sys.exit()
mol = Read(pdbqt_filename)[0]
if verbose: print 'read ', pdbqt_filename
mol.buildBondsByDistance()
mol.LPO = AD4LigandPreparation(mol, mode='interactive', repairs='', charges_to_add=None,
root=0, outputfilename=outputfilename, cleanup='')
#rebuild torTree
allAts = mol.allAtoms
for b in allAts.bonds[0]:
if b.activeTors: b.activeTors = 0
torscount = 0
tM = mol.torTree.torsionMap
for i in range(len(tM)):
bnum0, bnum1 = tM[i].bond
a0 = allAts.get(lambda x: x.number==bnum0 + 1)[0]
a0.tt_ind = bnum0
a1 = allAts.get(lambda x: x.number==bnum1 + 1)[0]
a1.tt_ind = bnum1
b = AtomSet([a0,a1]).bonds[0]
if hasattr(b, 'possibleTors'):
assert b.possibleTors