本文整理汇总了Python中Geometry.rmsd方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Geometry.rmsd方法的具体用法？Python Geometry.rmsd怎么用？Python Geometry.rmsd使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Geometry的用法示例。
在下文中一共展示了Geometry.rmsd方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: UpdateDataList
# 需要导入模块: import Geometry [as 别名]
# 或者: from Geometry import rmsd [as 别名]
def UpdateDataList(self, Line, TOP, Reference, dictCoord):
try:
PrevRMSD = self.top.dictSimData[TOP+1][3]
except:
PrevRMSD = 'N/A'
try:
#Get index position of energy column
#colNo = Line.rfind("value=") + 6
# 3 ( 4868.00 -180.00 -180.00 -180.00 ) cf= 67.444 cf.app= 67.444 fitnes= 14.799
colNo = Line.rfind("cf=")
colNo2 = Line.rfind("cf.app=")
colNo3 = Line.rfind("fitnes=")
if colNo != -1:
#Update the energy of the dictionary
self.top.dictSimData[TOP+1][0] = Line[(colNo+3):colNo2].strip() # Energy
else:
self.top.dictSimData[TOP+1][0] = 'N/A'
if colNo != -1:
#Update the energy of the dictionary
self.top.dictSimData[TOP+1][1] = Line[(colNo2+7):colNo3].strip() # Energy (apparent)
else:
self.top.dictSimData[TOP+1][1] = 'N/A'
if colNo != -1:
#Update the fitnes of the dictionary
self.top.dictSimData[TOP+1][2] = Line[(colNo3+7):].strip() # Fitness
else:
self.top.dictSimData[TOP+1][2] = 'N/A'
# RMSD of ligand
if Reference:
RMSD = Geometry.rmsd(dictCoord, self.dictCoordRef)
if RMSD != 'N/A':
RMSD = '%.3f' % RMSD
else:
RMSD = PrevRMSD
self.top.dictSimData[TOP+1][3] = RMSD
except:
self.queue.put(lambda: self.top.DisplayMessage(" ERROR: Could not update data list.", 2))
return 1
return 0