本文整理汇总了Python中Geometry.buildcc方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Python Geometry.buildcc方法的具体用法？Python Geometry.buildcc怎么用？Python Geometry.buildcc使用的例子？那么恭喜您, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类Geometry的用法示例。
在下文中一共展示了Geometry.buildcc方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Python代码示例。
示例1: WriteOutLigand
# 需要导入模块: import Geometry [as 别名]
# 或者: from Geometry import buildcc [as 别名]
def WriteOutLigand(self):
try:
#Get the new coordinates of the ligand
self.dictCoord = {}
self.dictCoord = Geometry.buildcc(self.top.ListAtom,self.top.RecAtom,self.top.DisAngDih,self.top.Ori)
#Replace the coordinate in pdb file with the new one
#print "writing to " + self.top.listTmpPDB[self.TOP+1]
text_file = open(self.top.listTmpPDB[self.TOP+1], 'w')
for pdbLine in self.top.ReferenceLines:
type = pdbLine[0:6].strip()
if type == 'HETATM' or type == 'ATOM':
NoAtom = int(pdbLine[6:11])
#print NoAtom
atomX = float(self.dictCoord[NoAtom][0])
atomY = float(self.dictCoord[NoAtom][1])
atomZ = float(self.dictCoord[NoAtom][2])
tmpLine = pdbLine[0:30]
tmpLine += '%8.3f' % atomX # The atom X coordinate
tmpLine += '%8.3f' % atomY # The atom Y coordinate
tmpLine += '%8.3f' % atomZ # The atom Z coordinate
tmpLine += pdbLine[54:]
text_file.write(tmpLine)
else:
text_file.write(pdbLine)
text_file.close()
except IOError:
self.CriticalError("Could not write PDB ligand file.")
return 1
return 0