本文整理汇总了Java中htsjdk.samtools.SAMRecord.getIntegerAttribute方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题：Java SAMRecord.getIntegerAttribute方法的具体用法？Java SAMRecord.getIntegerAttribute怎么用？Java SAMRecord.getIntegerAttribute使用的例子？那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在类htsjdk.samtools.SAMRecord的用法示例。
在下文中一共展示了SAMRecord.getIntegerAttribute方法的1个代码示例，这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞，您的评价将有助于系统推荐出更棒的Java代码示例。
示例1: qcCheck
import htsjdk.samtools.SAMRecord; //导入方法依赖的package包/类
public boolean qcCheck(SAMRecord sr){
Cigar cigar = sr.getCigar();
int rLen = sr.getReadLength();
int effectiveLen = 0;
if(cigar==null)
return false;
else{
for(final CigarElement ce : cigar.getCigarElements()){
CigarOperator op = ce.getOperator();
int cigarLen = ce.getLength();
switch(op)
{
case M:
{
effectiveLen += cigarLen;
break;
}
case I:
{
effectiveLen += cigarLen;
break;
}
default:
break;
}
}
}
boolean readdebug = false;
if(readdebug){
HLA.log.appendln(sr.getSAMString());
HLA.log.appendln("EffectiveLen:\t" + effectiveLen);
HLA.log.appendln("ReadLen:\t" + rLen);
}
Integer i = sr.getIntegerAttribute("NM");
int nm = 0;
if(i!=null)
nm = i.intValue();
if(readdebug)
HLA.log.appendln("NM=\t" + nm);
if(nm < 16){
if(readdebug)
HLA.log.appendln("PASSWED QC");
return true;
}
if(readdebug){
HLA.log.appendln("FAILED QC");
HLA.log.appendln(sr.getSAMString());
}
return false;
}