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C# Atom.ParseAtomLine方法代码示例

本文整理汇总了C#中Atom.ParseAtomLine方法的典型用法代码示例。如果您正苦于以下问题:C# Atom.ParseAtomLine方法的具体用法?C# Atom.ParseAtomLine怎么用?C# Atom.ParseAtomLine使用的例子?那么, 这里精选的方法代码示例或许可以为您提供帮助。您也可以进一步了解该方法所在Atom的用法示例。


在下文中一共展示了Atom.ParseAtomLine方法的1个代码示例,这些例子默认根据受欢迎程度排序。您可以为喜欢或者感觉有用的代码点赞,您的评价将有助于系统推荐出更棒的C#代码示例。

示例1: ReadAtoms

        internal virtual bool ReadAtoms(StreamReader pdbStream)
        {
            List<Atom> auxList = new List<Atom>();
            //using (StreamReader pdbReader = new StreamReader(pdbStream))
            //{
                string pdbLine = pdbStream.ReadLine();
               
                while (pdbLine != null)
                {
                    if (pdbLine.StartsWith("ENDMDL") /*|| pdbLine.StartsWith("TER") */|| pdbLine.StartsWith("END")) break;
                    if(flagChain==CHAIN_MODE.SINGLE)
                        if(pdbLine.StartsWith("TER"))
                            break;
                    if (pdbLine.StartsWith("ATOM") || pdbLine.StartsWith("HETATM"))
                    {
                        if (pdbLine.Contains("\t"))
                        {
                            ErrorBase.AddErrors("Error in file: " + ((FileStream)pdbStream.BaseStream).Name + " " + "ATOM line containes tab what is not allowed");
                            return false;
                        }
                        Atom atom = new Atom();
                        string error=atom.ParseAtomLine(this, pdbLine,flag);
                        if (error==null)
                        {
                            //Check if the atom already exists!!
                            if (flag == PDBMODE.ONLY_CA || flag == PDBMODE.CA_CB || flag == PDBMODE.ONLY_CB || flag==PDBMODE.ONLY_SEQ)
                            {
                                if (flag == PDBMODE.ONLY_CA || flag == PDBMODE.CA_CB || flag == PDBMODE.ONLY_SEQ)
                                    if (atom.AtomName == "CA")                                                                            
                                        auxList.Add(atom);                                    


                                if (flag == PDBMODE.ONLY_CB || flag == PDBMODE.CA_CB )//|| (atom.ResidueName=='G' && flag==PDBMODE.ONLY_CA))
                                    if (atom.AtomName == "CB")
                                        auxList.Add(atom);
                            }
                            else
                                auxList.Add(atom);
                        }
                        else
                            ErrorBase.AddErrors("Error in file: " + ((FileStream)pdbStream.BaseStream).Name+" "+error);
      
                    }

                    pdbLine = pdbStream.ReadLine();
                }
                this.atoms = new List<Atom>(auxList);
          //  }
            return true;
        }
开发者ID:uQlust,项目名称:uQlust-ver1.0,代码行数:50,代码来源:Molecule.cs


注:本文中的Atom.ParseAtomLine方法示例由纯净天空整理自Github/MSDocs等开源代码及文档管理平台,相关代码片段筛选自各路编程大神贡献的开源项目,源码版权归原作者所有,传播和使用请参考对应项目的License;未经允许,请勿转载。